TIGRE是什么?
TIGRE是一个开源工具箱,用于快速准确地对任何几何形状进行3D断层重建。它的重点是改进图像质量的迭代算法,这些算法都经过优化,可以在GPU(包括多GPU)上运行以提高速度。它将MATLAB或Python的高级抽象与CUDA的低级性能相结合,以使其既快速又易于使用。TIGRE可以免费下载和分发:使用它,修改它,添加它,共享它。开发者的目标是为层析成像社区“现成”提供广泛的易于使用的算法。希望通过鼓励和支持双方对TIGRE的贡献,在算法开发人员和影像研究人员/临床医生之间建立更牢固的桥梁。
github地址:GitHub - CERN/TIGRE: TIGRE: Tomographic Iterative GPU-based Reconstruction Toolbox
百度网盘链接:
链接:https://pan.baidu.com/s/13Yv68tYwegK6VezqaCrihA
提取码:7bwa
Windows环境下依赖
需要准备Matlab、CUDA和VS,注意这里面涉及到版本的问题,一定要根据自身设备情况规划好再装,以免出现来回装软件的情况。
Matlab和CUDA的部分版本关系如下:
通过NVIDIA控制面板可以看自己电脑支持的最高CUDA版本。
综合下来,我选择了MatlabR2021a、CUDA11.4、VS2019。我之前用惯了VS2017,没想到就这个版本不被支持。下面介绍每个工具的下载路径。
Matlab下载
详情参考:Matlab R2021a安装教程(附带免费安装包)_matlab免费安装包-CSDN博客
CUDA下载
详情参考:CUDA下载安装与配置-CSDN博客
下载后,打开cmd输入nvidia-smi,看看是否成功。
nvidia-smi如果无效命令,参见:解决方案-Windows下cmd输入nvidia-smi命令无效-CSDN博客
VS下载
详情参考:Visual Studio 2019 再分发 | Microsoft Learn
配置TIGRE
1)双击Compile.m用matlab打开。
2)命令行输入下方代码。Matlab会自动搜索电脑的合适编译器。
mex -setup -v
3)C编译器用2019,C++点完还会出现这几个,再点一次2019。
4)按项目要求,将mex文件mex_CUDA_win64_MSV2019.xml改为mex_CUDA_win64.xml。
5)把文件首尾的CUDA编号改一下,默认应该是9.2,不改的话在后续编译会出现找不到合适编译器。因为没配置成功。
6)运行Compile,其中的NVIDIA CUDA Compiler就是刚才自定义的xml文件。
7)出现下面错误,就是开了杀毒软件或者windows防御,数据写不进去,把杀毒软件那些都关了再跑一遍。
8)警告忽视,只要不是错误,出现如下字样后就表明mex过程成功了。
9)初始化运行InitTIGRE,这一步会将项目中需要的一些数据结构和函数功能导入。
10)至此,可以按自己需求进行不同的功能测试。
最后,在此郑重感谢杜乙老师(北京大学肿瘤医院放疗科)提供的指导和帮助。杜老师在医疗领域有非常丰富的科研和临床经验,给大家提供杜老师的github,多多支持,相信你们也会从他的开源项目中有所收获。
杜乙:yidu-bjcancer (Yi DU) · GitHub
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