R语言绘图 | 散点小提琴图

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本期教程

写在前面

本期的图形来自发表在Nature期刊中的文章，这样的基础图形在日常分析中使用频率较高。

绘图

1. 设置路径

setwd("Your Path")

2. 导入所需R包

library(tidyverse)
library(readxl)
library(ggsci)
library(viridis)
library(RColorBrewer)

3. 导入数据

df_data <- read_excel("data_input.xlsx",sheet = "Sheet1")
df_data[1:10,1:3]

> df_data[1:10,1:3]
# A tibble: 10 × 3
   SampleID                     visit shannon
   <chr>                        <chr>   <dbl>
 1 s.10833.35.STL.374294        1M      1.42 
 2 s.10833.35.STL.433697        12M     3.10 
 3 s.10833.35.STL.370901        0-4D    4.16 
 4 IgramRun3.104.2.STL.V07.12mo 12M     3.82 
 5 s104.STL.V02.1mo             1M      1.98 
 6 s104.STL.V01.1.4d            0-4D    0.862
 7 s.10833.46.STL.372741        0-4D    0.827
 8 s.10833.46.STL.435681        12M     3.01 
 9 s.10833.46.STL.375471        1M      2.57 
10 IgramRun3.111.2.STL.V07.12mo 12M     2.26

4. 设置主题

theme_clean <- function(){
  theme_bw() %+replace%    
    theme(
      panel.grid = element_blank(),
      strip.background = element_blank()
    )
}

5. 绘图

• 绘制基础图形

p1 <- ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+
  geom_violin()

• 添加散点

p2 <- p1 +
  geom_jitter(width = 0.2, size = 0.9)+
  scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = T)

• 设置颜色

p3 <- p2 +
  scale_fill_viridis(end = 0.8, discrete = T, alpha = 0.5)

• 进一步参数修改

p3 + 
  scale_y_continuous(limits = c(0,7))+
  guides(color="none")+
  theme_clean()+
  ##'@
  labs(
  x="",
  y="Shannon diversity"

照葫芦画瓢-绘制箱线图

ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+
  geom_boxplot()

绘图全部代码

pdf("202405散点小提琴图.pdf",width = 6, height = 4)
ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+
  geom_violin()+
  ##'@添加散点
  geom_jitter(width = 0.2, size = 0.9)+
  scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = T)+
  ##'@设置颜色
  scale_fill_viridis(end = 0.8, discrete = T, alpha = 0.5)+
  ##'@设置Y轴坐标轴
  scale_y_continuous(limits = c(0,7))+
  guides(color="none")+
  theme_clean()+
  ##'@
  labs(
  x="",
  y="Shannon diversity"
  )

dev.off()  

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