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中科软面试题

yeamy 04-12 08:00 阅读 2
数据库

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NCBI

genecards

HPA数据库

gepia2

cbioporta

kmplot生存分析

ualcan
​​​​​​​

进行一些常用的基因功能蛋白及表达的网站查询汇总,方便个人使用

NCBI

National Center for Biotechnology Information (nih.gov)

查询基因的曾用名和其他ID,以CD274为例,还可以查询

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Ensembl:ENSG00000120217可以查看CCDS序列

Gene: CD274 (ENSG00000120217) - Summary - Homo_sapiens - Ensembl genome browser 111CCDS Report for Consensus CDS (nih.gov)


genecards

CD274 related genes - GeneCards Search Results

可以查看许多蛋白结构相关信息

例如查询蛋白分布位置

查看结构大小:3.3Kda

细节注意:PD-L1 (CD274)靶点介绍及实验小贴士| Abcam中文官网

 由于PD-L1蛋白存在多种翻译后修饰,包括多位点糖基化修饰,所以实际检测到的条带大小可能在30-60kDa之间,与理论值20-33kDa有所区别。


HPA数据库

Search: CD274 - The Human Protein Atlas

可以查询相关抗体还有免疫组化数据

HPA数据库及HPAanalyze包使用-CSDN博客

HPAanalyze下载病理IHC然后qupath半定量分析(补全)-CSDN博客


gepia2

GEPIA 2 (cancer-pku.cn)

查询基因表达及相关性数据

cbioporta

cBioPortal for Cancer Genomics

kmplot生存分析

Kaplan-Meier plotter (kmplot.com)

可以查询多个肿瘤在多个数据库中的预后KM情况

奇怪的点:PD-L1是保护因子。应该是PD-L1对预后预测的异质性大。

ualcan

UALCAN (uab.edu)

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