拓端tecdat|如何在R语言中建立六边形矩阵热图heatmap可视化

这是一个六边形热图可视化程序，主要用到的知识RColorBrewer，fields,也就是R中的可视化绘图库。

本文希望SOM的结果以六边形热图可视化。让我向您展示如何在R中创建六边形热图！

您必须根据自组织神经网络（SOM）的结果来创建自己的变量 。输入变量 ​​Heatmap_Matrix​​ 变量是一个矩阵，可以作为热图的数字表示。

因此，矩阵具有与SOM映射相同的行数和与SOM映射相同的列数，并且热图中的每个值表示一个六边形的值。这里 ​​[1,1]​​​ 将成为左下节点（第一行，第一列），​​[1,2]​​​ 将成为右侧的节点， 将成为 ​​[2,1]​​ 第二行中左侧的第一个节点，依此类推。因此，从视觉上看，顺序从左下到右上，而在矩阵中，则从左上到右下。

码

1.  library(RColorBrewer) #使用brewer.pal
2.  library(fields) #使用designer.colors
3.   
4.  #为每个六角形创建多边形的功能
5.   
6.  #从一个矩阵开始，该矩阵将作为您的热图的数字表示形式，称为Heatmap_Matrix
7.   
8.   
9.  x <- as.vector(map_Matrix)
10.   
11.  #此矩阵具有与SOM映射相同的行数和与SOM映射相同的列数，并且热图中的每个值表示一个六边形的值
12.   
13.   
14.  #在这里[1,1]将成为左下节点（第一行，第一列），[1,2]将成为右节点[2,1]将成为第二行左侧的第一个节点
15.   
16.   
17.  #因此，从视觉上看，可以从左下到右上工作
18.   
19.   
20.   
21.  #SOM的行数和列数
22.   
23.   
24.  Rows <- dim(map_Matrix)[1]
25.  Columns <- dim(map_Matrix)[2]
26.   
27.  #为图例腾出空间
28.   
29.   
30.  par(mar = c(0.2, 2, 2, 7))
31.   
32.  #启动绘图窗口，但确实显示绘图上的所有轴或点
33.   
34.   
35.  plot(0, 0, type = "n", axes = FALSE, xlim=c(0, Columns),
36.  ylim=c(0, Rows), xlab="", ylab= "", asp=1)
37.   
38.  #创建调色板
39.   
40.   
41.  #我使用designer.colors在Brewer中允许的最大数量的数值之间插入50种颜色
42.   
43.   
44.   
45.  ColRamp <- rev(designer.colors(n=50, col=brewer.pal(9, "Spectral") )
46.   
47.  #制作一个向量，其长度（ColRamp）的bin数在x的最小值与最大值之间.
48.  #接下来，将x中的每个点与ColorRamp中的一种颜色进行匹配
49.   
50.  ColorCode <- rep("#FFFFFF", length(x)) #默认为全白
51.   
52.   
53.  for (i in 1:length(x))
54.  if (!is.na(x[i])) ColorCode[i] <- ColRamp[which.min(abs(Bins-x[i]))]
55.   
56.  #在图上实际绘制六角形多边形
57.   
58.   
59.  offset <- 0.5 #向上移动时六边形的偏移量
60.   
61.   
62.  for (row in 1: Rows) {
63.  for (column in 0:( Columns - 1))
64.  agon(column + offset, row - 1, col = ColorCode[row + Rows * column])
65.  offset <- ifelse(offset, 0, 0.5)
66.  }
67.   
68.  #在右侧添加图例
69.   
70.  image(legend.only=TRUE, col=ColRamp, zlim=c(min(x, na.rm=T), max(x, na.rm=T)))

能够读取颜色含义的图例

在最后，创建图例，您将获得与上图类似的热图。

希望我的解释和代码能帮助您在R中创建自己漂亮的热图。