RNAseq-踩坑01 -- 下机文件整理出错

对于一个第一次做生信的小白，真的是连小问题都会发生，

问题：【2021.3.25】 查看pLVX-ShRNA-2 count.tsv 文件， 发现几乎都是0，不知道是由于下载数据放错了（第一次在命令行误删了这个数据，后面单独下载添加的），还是测序数据本身的问题。

解决：

1. 检查文件大小 $ ll 发现pLVX-ShRNA-2的两个fastq文件大小一样，应该是自己弄错了文件。
2. 重新下载6个样本的12个*.fq.gz 文件，重新跑一次 前三步。
   但是发现 wget url 下载被拒绝，于是用浏览器本地下载，在上传到服务器分析。

由于wget下载下来的数据文件名会很奇怪，或者是由于测序公司命名的问题等，我们需要根据需要重命名，这时候就可能出现命名错误，弄错文件的可能性。

最好整理好之后 ，查看一下文件的大小粗略检查一下。

下面总结一下，查看文件信息的几种命令

• ll -rth 可以显示当前目录下的文件，及其简单信息，但是无法查看具体大小等信息

[yelx@localhost rawdata]$ ll -rth
total 19G
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.5G Mar 26 12:20 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.5G Mar 26 12:21 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_2.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.6G Mar 26 12:33 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-3-H1975_BKDL210012906-2a-A44-AK4544_1.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.6G Mar 26 12:34 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-3-H1975_BKDL210012906-2a-A44-AK4544_2.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.5G Mar 26 12:46 DX20210308_RNA_seq-2-RBM33-Sh-1-H1975_BKDL210012906-2a-A31-AK4544_1.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.6G Mar 26 12:48 DX20210308_RNA_seq-2-RBM33-Sh-1-H1975_BKDL210012906-2a-A31-AK4544_2.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.8G Mar 26 12:59 DX20210308_RNA_seq-4-pLVX-ShRNA-1-H1975_BKDL210013572-2a-A47-AK4544_1.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.8G Mar 26 13:01 DX20210308_RNA_seq-4-pLVX-ShRNA-1-H1975_BKDL210013572-2a-A47-AK4544_2.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.7G Mar 26 13:11 DX20210308_RNA_seq-4-RBM33-Sh-2-H1975_BKDL210013572-2a-A26-AK4544_1.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.7G Mar 26 13:13 DX20210308_RNA_seq-4-RBM33-Sh-2-H1975_BKDL210013572-2a-A26-AK4544_2.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.4G Mar 26 13:21 DX20210308_RNA_seq-4-RBM33-Sh-3-H1975_BKDL210013572-2a-A43-AK4544_1.fq.gz
-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.4G Mar 26 13:22 DX20210308_RNA_seq-4-RBM33-Sh-3-H1975_BKDL210013572-2a-A43-AK4544_2.fq.gz

1. ls -l

• ls 命令一般用于查看文件和目录的信息，包括文件和目录权限、拥有者、所对应的组、文件大小、修改时间、文件对应的路径等等信息

• ls -l 查看文件大小，在大部分的Linux系统中，都已经设置了ls -l的别名为ll

  
  

  

  
  

  其实，一般很少遇见两个的样本的大小完全一样的。

2. du

• du命令一般用于统计文件和目录所占用的空间大小

  
  

  

  
  

  

3. wc

• wc -c + 文件名 统计字节数

wc -c DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz 
1520130156 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz

• wc -l +文件名 统计行数

$ wc -l DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz 
6567419 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz

4. stat

• stat + 文件名
  只能逐个查看文件的信息，但是信息很详细。

$ stat DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz 
  File: ‘DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz’
  Size: 1520130156  Blocks: 2969016    IO Block: 4096   regular file
Device: 822h/2082d  Inode: 70254601    Links: 1
Access: (0664/-rw-rw-r--)  Uid: ( 1000/    yelx)   Gid: ( 1000/    yelx)
Context: unconfined_u:object_r:unlabeled_t:s0
Access: 2021-05-28 11:10:49.171449423 +0800
Modify: 2021-03-26 12:20:39.309920271 +0800
Change: 2021-04-08 11:07:56.997003012 +0800
 Birth: -