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使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析

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Matrix是一款经典的eQTL分析软件,可以支持cis和trans-eQTL的分析,官网如下

​​http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/​​

其运行速度快,官方给出的和其他工具的运行速度比较结果如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据

支持线性回归和ANOVA等模型,同时支持协变量的矫正。该软件有对应的R包,使用简便,基本用法如下

1. 读取snp相关文件

对于SNP而言,有以下两种文件

  1. SNP分型结果
  2. SNP染色体位置


SNP分型结果文件内容示意如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据分析_02

该文件读取的代码如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据_03

SNP染色体位置文件的内容示意如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据库_04

该文件读取的代码如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据库_05

2.读取gene相关文件

对于gene而言,有以下两种文件

  1. 基因表达量结果
  2. 基因染色体位置


基因表达量结果文件内容示意如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据分析_06

该文件读取的代码如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据_07

基因染色体位置结果文件内容示意如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据_08

该文件读取的代码如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据分析_09

3. 读取协变量

协变量是可选的,内容示意如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据分析_10

该文件读取的代码如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据分析_11

4. 进行eQTL分析

代码如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据_12

运行完成之后,查看对应的输出结果即可,cis和trans的输出结果是类似的,示意如下

使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据库_13

cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。

·end·

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使用MatrixEQTL进行cis/trans-eQTL分析_数据_14

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