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starBase:ceRNA数据库简介

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在ceRNA调控网络中,miRNA起到了桥梁的作用,通过和各种RNA分子结合,从而介导该调控机制的发生。starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息,并在此基础上构建了ceRNA网络,网址如下

​​http://starbase.sysu.edu.cn/index.php​​

该数据库提供了以下几种类型的信息

  1. miRNA target
  2. RNA-RNA相互作用
  3. ceRNA调控网络
  4. RNA和蛋白的结合信息

根据研究方法的不同,对应5个不同的导航栏菜单

1. miRNA target

首先通过GEO数据库下载AGO蛋白的CLIP-seq测序结果,进行peak calling分析得到miRNA结合位点, 再利用targetscan等多款软件的预测结果,与CLIP数据分析结果取交集,得到最终的miRNA结合位置信息,从而确定miRNA和其他RNA分子之间的相互作用信息。

通过导航栏的miRNA target菜单,可以查看以下4种类型的miRNA靶标信息

  1. miRNA-mRNA
  2. miRNA-lncRNA
  3. miRNA-circRNA
  4. miRNA-pseudogene
  5. miRNA-sncRNA

结果示意如下

starBase:ceRNA数据库简介_数据分析

2. Degradome-RNA

通过GEO数据库中的降解组测序数据分析miRNA的靶标信息,结果示意如下

starBase:ceRNA数据库简介_数据分析_02

3. RNA-RNA

从GEO数据库中下载LIGR-seq等研究RNA-RNA相互作用的测序数据,分析得到RNA分子之间的相互作用信息,通过导航栏的RNA-RNA菜单,可以查看以下4种类型的RNA分子互作信息

  1. miRNA-RNA
  2. mRNA-RNA
  3. lncRNA-RNA
  4. pseudigene-RNA
  5. sncRNA-RNA

检索结果示意如下

starBase:ceRNA数据库简介_数据库_03

4. ceRNA network

通过导航栏的ceRNA-network菜单,可以查看ceRNA网络信息,分成了以下3种类型

  1. mRNA-ceRNA
  2. lncRNA-ceRNA
  3. pseudogene-ceRNA

对于每个ceRNA关系对,利用超几何分布计算p值,公式如下

starBase:ceRNA数据库简介_导航栏_04

​N​​​代表ceRNA网络中的miRNA总数,​​K​​​代表该基因结合的miRNA个数,​​n​​​代表构成ceRNA关系的另外一个基因结合的miRNA个数,​​c​​代表两个基因共同结合的miRNA个数,v2版本的数据库可以查看具体的miRNA个数信息,示意如下

starBase:ceRNA数据库简介_数据库_05

ceRNA检索的结果示意如下

starBase:ceRNA数据库简介_导航栏_06

5. RBP-RNA

和miRNA target类似,通过GEO数据库下载RNA结合蛋白RBP CLIP-seq测序结果,进行peak calling分析得到结合位点信息,同时采用homer软件分析结合位点的motif,并根据靶基因提供了COSMIC数据库的疾病注释信息,对应以下三个导航栏的菜单

  1. RBP-target
  2. RBP-motfi
  3. RBP-disease

结果示意如下

starBase:ceRNA数据库简介_导航栏_07

除了以上5种基本信息外,还提供了以下两种分析

1. pathway

对靶基因进行kegg富集分析,通过导航栏的pathway菜单,可以查看以下4种类型的富集分析结果

  1. mirTarPathway
  2. rbpTarPathway
  3. rnaTarPathway
  4. ceRnaPathway

检索结果示意如下

starBase:ceRNA数据库简介_数据分析_08

2. Pan-Cancer

利用TCGA中32种癌症类型对应的转录组数据,进行了pan-cancer分析,从检索结果中的pan-cancer列可以查看详细信息,示意如下

starBase:ceRNA数据库简介_数据库_09

提供了两个基因的共表达分析结果,提供了散点图和箱线图两种展示形式,如下所示

starBase:ceRNA数据库简介_数据库_10

starBase:ceRNA数据库简介_数据分析_11

通过starbase数据库,可以查询各种RNA分子间的互作信息以ceRNA调控网络信息。

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