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lammps案例:无定形碳生成

兔八哥软件爱分享 2022-04-24 阅读 302
python

势文件

examples→airebo→CH.airebo

 完整input文件代码见下文

#用lammps生成无定形碳

units		    metal
atom_style	    full
boundary	    p p p
pair_style  	airebo 2.5 1 1

# ============= 创造盒子
region		    block block -20 20 -20 20 -20 20
create_box	    1 block                                                                   
create_atoms 	1 random 5000 45287 block   

#random类型在指定区域内随机生成原子,5000为生成原子总数,45287为随机数种子,block指定填充原子区域。

# ============= 力场
mass 		    1 12.0107
pair_coeff	    * * CH.airebo C

# ============= 能量最小化
thermo		    10
minimize 	    1.0e-4 1.0e-6 100 1000
reset_timestep	0

# =============用nvt给原子一个初始速度
# ============= 反应温度从 10000 K 至 4000 K
# ============= 步长 (0.5 fs)
velocity 	    all create 10000 49284 mom yes rot yes dist gaussian
fix		        mynvt all nvt temp 10000 4000 0.1
timestep	    0.0005

# ============= 输出原子位置每5 ps,输出log信息每0.5 ps
dump 		    dp1 all atom 10000 dump.lammpstrj
thermo		    1000

# ============= 每一次运行(50 ps)
run		        100000

# ============= 保持温度在4000K
# ============= 第二次运行(250 ps)
fix		        mynvt all nvt temp 4000 4000 0.1
run		        500000

# ============= 降温从4000 K到3000 K
# ============= 第三次运行 (250 ps)
fix		        mynvt all nvt temp 4000 3000 0.1
run		        500000

# ============= 降温从 3000 K 至 300 K
# ============= 第四次运行 (50 ps)
fix		        mynvt all nvt temp 3000 300 0.1
run		        100000

# ============= 保持温度在 300 K
# ============= 每五次运行 (5 ps)
fix		        mynvt all nvt temp 300 300 0.1
run		        10000

# ============= 输出最终状态文件
write_data	    data.lammps

运行结果

 

 

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1 条评论

你好,能请问一下为什么我运行出来的文件在ovito里面看好像只有碳原子,没有键