使用FastqCount统计fastq文件基本信息？

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• ​​1. FastqCount简介​​
• ​​2. 使用​​
• ​​3. 结果​​

1. FastqCount简介

快速实用小工具：FastqCount
​​​https://github.com/zhimenggan/FastqCount​​

统计指标包括：

• Total Reads
• Total Bases
• N Bases
• Q20
• Q30
• GC

2. 使用

压缩文件可搭配pigz使用更香。

单个fastq(.gz)文件:

./FastqCount input.fastq

多文件：

pigz -dc R1.fastq.gz R2.fastq.gz | ./FastqCount - >seq.out &

3. 结果

作者：​​Bioinfarmer​​​，若要及时了解动态信息，请关注同名微信公众号：Bioinfarmer。