TCGA甲基化数据（.idat）文件导入Sample Sheet构建

TCGA数据库里面下载的数据是这个样子的：

下载好以后

解压以后打开是这样子的

文件夹里面是.idat文件，类似于这样

还要再下载一个临床文件

下载来的是这样的：

打开以后是这样的：

然后把每个文件夹里面的.idat文件拿出来，刚到一个单独的文件夹里面，然后在构造一个Sample Sheet.csv文件就可以用ChAMP包导入文件了。
ChAMP测试数据中展示的数据和Sample Sheet.csv是这样的：


上面是.所有的文件，下面是Sample Sheet文件，这里面主要的是sample_name,sample_group,
sentrix_id,sentrix_position.这里面的C表示control，正常样本，T表示tumour，肿瘤样本，我们下载的临床文件里面有C或T的信息，最后面两列可以看出来对应着.idat文件的名称，两列之间用_连起来就是.idat文件名的前面两部分，Sample Sheet.csv里面的样本对应文件夹里面红和绿一对.idat文件。
然后我们开始构造自己的Sample Sheet.csv文件，我下了三个病例，有六个.idat文件，所以Sample Sheet.csv里面应该有三个样本的信息，我们可以根据临床信息中的样本名字命名，临床数据里面有正常或是患病信息，但是名称不一定是sample_group，要自己分辨，Sample_Well那一行不太清楚是什么意思，可以根据测试数据随便写，最后两列的话，由于文件原本的命名不太好看，我就用临床的样本名重新命名了

然后Sample Sheet.csv是这样的

然后一定要注意，命名文件名的时候，连接Sample Sheet最后两列之间的横线一定要是“_”不然没法识别，然后就可以在R里面导入，可以做后续一系列的分析了。

library('ChAMP')
library('minfi')
myLoad<-champ.load('./idat',arraytype='450k')

用原本的文件名称是否能做我已经懒得试了，我专门下了一个样本量非常小的来尝试，所以这里面各种操作都是手动操作，后期要做数据分析的话一定是需要写代码完成的。