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metascape: 最强大的基因富集分析在线工具

止止_8fc8 2022-06-21 阅读 58

metascape是一个web工具,提供了基因富集分析,蛋白质互作网络分析等多种功能,对应的文章发表在nature communications上, 链接如下

​​https://www.nature.com/articles/s41467-019-09234-6​​

网址如下

​​http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1​​

该网站集成了40多个基因功能注释数据库,并且提供了多样化的可视化方式,对于生物学家而言,通过该网站可以轻松的对基因功能进行探索和分析,目前已有451篇文章引用了该工具,其可视化方式如下所示

1. circos plot

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_web工具

2. Enrichment Bar Graph

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_数据库_02

3. Enrichment Heatmap

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_柱状图_03

4. Enrichment Network

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_柱状图_04

5. Protein Complex Network

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_web工具_05

6. Membership Pie Chart

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_柱状图_06

集成的功能注释数据库如下所示

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_柱状图_07

如上图所示,利用这些功能注释的数据库,主要进行以下几种分析

  1. ID  Conversion
  2. Gene Annotation
  3. Enrichment Analysis
  4. Interaction Network Analysis

对于单个基因列表,默认进行富集分析和PP分析,如下所示,输入基因列表,选定物种, 然后点击​​Express Analysis​​即可

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_柱状图_08

结果包含以下两种

1. 富集分析的柱状图

默认使用GO, KEGG, Reactome, CORUM等多个数据库进行富集分析,结果如下所示

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_web工具_09

用柱状图的形式展示top15个显著富集的terms, 示意如下

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_数据库_10

用网络图的形式展示富集到的terms之间的关系,示意如下

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_web工具_11

2. PPI分析

提供了蛋白质相互作用网络图,并采用​​MCODE​​算法对PPI网络进行聚类,识别其中的subnetwork,即潜在的蛋白复合体,结果示意如下

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_柱状图_12

如果同时输入多个基因,还额外提供下两种可视化方式,第一种是多个富集结果的展示,用热图的形式进行展示,示意如下

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_数据库_13

第二种是输入的多个基因集之间的overlap分析,结果用circos图来展示,两个区域之间的​​lnks​​连线代表了对应的overlap,结果示意如下

metascape: 最强大的基因富集分析在线工具_数据库_14

metascape集成的数据库最多,而且更新的也非常及时。通过自定义分析,可以实现多个数据库的功能分析。该数据库目前支持人,小鼠,大鼠等10个物种的基因分析,是一个非常强大的基因功能分析工具。

·end·

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