ps:今天刚接触，看了一些教程，有一些别人能执行而我这里不行的地方，都是慢慢百度解决的（第一次，写的有的乱，希望对你有所帮助）

一、win10下子系统Ubuntu的安装

1.打开win10的应用商店，找到Ubuntu18.04，下载并安装

将这个文件放在电脑的C盘下

2.在utuntu界面下：创建/usr/lib/jvm 文件夹

sudo mkdir /usr/lib/jvm

3.将C盘下的文件复制到Ubutu的 /usr/lib/jvm 文件夹

sudo cp /mnt/c/jdk-8u251-linux-x64.tar.gz /usr/lib/jvm/

4.解压 jdk-8u251-linux-x64.tar.gz

sudo tar -zxvf jdk-8u251-linux-x64.tar.gz

5.配置环境变量

sudo vim ~/.bashrc

输入后打开了是下图 按E可编辑

按E后是下图

然后按 i 就可以输入

把光标移到最后，在打开的文件末尾添加：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_251

export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre 

export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib 

export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH

 最后按ESC退出输入  ZZ保存退出

6.使配置生效

source ~/.bashrc

7.最后看一下java的版本

java -version

三、fastqc的下载安装

1.下载FastQC

http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

打开后是这样，下载最新版本的fastqc

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip  

 2.解压（提示我的ubuntu没有unzip命令， 我又按照它的提示现安装的）

unzip fastqc_v0.11.9.zip

更新下可获取软件及其版本信息，否则以下会提示找不到fastqc命令

sudo apt-get update

3.给fastqc权限

chmod 755 fastqc

4.加入环境变量

echo 'export PATH=~/路径/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc

5.运行环境变量

source ~/.bashrc

6.查看一下是否成功

fastqc -h

四、使用fastqc质量分析

1.运行fastqc

-o 输出目录 result是我新建的文件夹 sra-date.fastq是我下载的转录组序列

（这个序列是双端侧序，但是只有一个文件，后来才明白可以用命令拆分成俩文件，这个地方下次更新）

sudo fastqc sra-date.fastq -o result/

最后成功了

2.把ubuntu的sra_date_fastqc.html复制到C盘查看

（不能直接把文件输出到c盘里，1是我新创立的文件夹）

sudo cp /home/liuyuan/result/sra_data_fastqc.html /mnt/c/1/

这个报告是未把双端测序文件拆分成两个文件，等我弄明白了下次更新