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玩转基因组浏览器之展示bed文件

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bed文件用于记录染色体区域信息,最基本的一个bed文件示例如下

玩转基因组浏览器之展示bed文件_公众号

bed格式非常的灵活,可以有多个变种,比如转录本结构可以用bed12格式来记录,peak calling的结果可以用bed6+4来记录。常见的bed相关的格式有以下几种

  1. bed
  2. narrowpeak
  3. broadpeak
  4. bigbed

其中,narrowpeak和broadpeak常用于存储peak calling的结果,分别为bed6+4和bed6+3格式,即分别为10列和9列,bigbed是二进制的bed文件。

对于bigbed格式,可以通过UCSC提供的小工具来进行格式转换,用法如下

1. bed to bigbed

sort -k1,1 -k2,2n input.bed > sort.bed
bedToBigBed sort.bed hg19.chrom.sizes out.bigbed

2. bigbed to bed

bigBedToBed input.bigBed out.bed

上述bed格式都可以导入IGV进行查看,结果示意如下

玩转基因组浏览器之展示bed文件_公众号_02

bed文件中的每一行为一个染色体区域,对应图中蓝色的矩形区域。当bed文件的第四列提供了名称时,在矩形区域的下方会显示对应的标识符,而且可以根据标识符进行检索,示意如下

玩转基因组浏览器之展示bed文件_公众号_03

bed文件可以作为一个特征标识符, 来快速查找感兴趣的基因组区域,最经典的应用场景就是将peak calling的bed文件和对应样本的tdf文件同时导入IGV, 然后快速查看peak区域的测序深度分布情况。

·end·

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玩转基因组浏览器之展示bed文件_公众号_04

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