R语言批量查找基因名称：vautils包–find-nearest-genes
查找基因名称的R包
起因是我已知一些SNP，包括Chromosome，Position，A1，A2等一系列信息，想批量查找临近位置基因的名称，做成一个表格。
同事给推荐了一个包，find-nearest-genes，这个包在github上的页面是：
https://github.com/oyhel/vautils
试了很多种方法，但是在我的Windows10笔记本 R 语言里安装这个包总是报错，google、百度归来，尝试了大佬们的各种方法，包括remove:: devtools::这种自动安装的方法，都没有成功，最终手动安装成功了。
如何安装vautils包
- 在GitHub的页面点击如下图所示绿色的“code”，然后下载这个包（Download ZIP），下载完成后放入本地文件夹。
我这边是放在了D盘的一个位置（D:/Software/R/）。
- 在安装这个包之前，需要先安装devtools。使用常规方法安装即可。
install.packages("devtools")
- devtools安装完成后就可以安装vautils了，下面的文件路径可以根据需要修改。
devtools::install_local("D:/Software/R/vautils-master.zip")
- 安装成功，尝试加载这个包。
library(vautils)
没有报错就说明安装成功了。
PS：这个手动安装方法参考的是“天涯清水”大神的帖子，如果大家出现以下报错，可以详细看下这个帖子。
.
https://www.jianshu.com/p/ffe3ca812d0a
就像很多攻略里提到的那样，我用这个方法成功了，但不代表其他人就能成功，这个跟系统、版本、要安装的包之类的都有关系。
find-nearest-gene查找临近基因名称
Notice：想要使用这个包查找临近基因名称，除了需要加载vautils之外，还需要同时加载dplyr这个包，因为在dataframe处理的过程中会用到pipe(%>%)，rename这些包含在dplyr的包。
library(vautils)
library(dplyr)
最后, find_nearest_gene的使用方法详见原作者的manual，链接放在下面。
https://rdrr.io/github/oyhel/vautils/man/find_nearest_gene.html
find_nearest_gene(data, flanking = 100, build = "hg19",
collapse = TRUE, snp = "rsid", chr = "chromosome",
bp = "position")
当然，还有其他查找临近基因名称的方法，待我尝试一下出一篇攻略哈。
