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annoPeakR:一个peak注释的在线工具

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annoPeakR是一个peak注释工具,基于R语言中的shiny包开发出的web应用,网址如下

​​https://apps.medgen.iupui.edu/rsc/content/19/​​

集成了人和小鼠多个版本的参考基因组信息,只需要上传bed格式的peak文件就可以进行分析了,支持一次上传多个,示意如下

annoPeakR:一个peak注释的在线工具_自定义

官网也提供了测试数据,点击​​Load sample Data​​可以看到。对于Peak文件而言只需要四列,分别代表染色体,起始,终止位置和peak的名称,示意如下

annoPeakR:一个peak注释的在线工具_上传_02

对于每个peak文件,提供了以下两种注释信息

1. peak associated gene structures

peak关联基因的分析是通过ChIPpeakAnno这个R包来实现,注释结果提供了​​csv​​的格式供下载,内容示意如下

annoPeakR:一个peak注释的在线工具_自定义_03

不仅给出了对应的基因注释,还根据peak与基因的距离定义了downstream等类别,其中promoter和enhancer这两种类别的距离可以自定义

annoPeakR:一个peak注释的在线工具_自定义_04

对于不同类别peak的分布,还提供了柱状图,示意如下

annoPeakR:一个peak注释的在线工具_上传_05

2. peak to nearest peak distances

绘制peak与对应基因距离的频率分布曲线,示意如下

annoPeakR:一个peak注释的在线工具_上传_06

同时还可以多个peak进行分析,包含以下两种结果

1. overlapping peak identifications

peak区间的交集分析,提供了交集peak的数量统计,结果示意如下

annoPeakR:一个peak注释的在线工具_r语言_07

2. overlapping peak-associated genes

peak关联基因的venn分析以及功能富集分析,示意如下

annoPeakR:一个peak注释的在线工具_r语言_08

在线工具操作简单,尤其对于不熟悉R语言的人而言。这个在线工具不仅提供了和CHIPpeakAnno相同的注释结果,而且还有更多功能,是一个不错的选择。


·end·

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