问题描述
孟德尔随机化、R语言。因为最近写孟德尔随机化的论文，用的R包比较频繁，结果extract_instructments 的线上功能用不了，一直报错，后来也去github上报错，写信给数据库，没啥实际进展。后来下载了GWAS数据本地做，但在这一步时报错：
输入代码：
set.seed(114514)
res<-mr(data)
mr_ratio<-generate_odds_ratios(res)
setwd("E:/GWAS")
set.seed(114514)
res_single <- mr_singlesnp(res)
报错：
res_single <- mr_singlesnp(res)
错误于mr_singlesnp(res):
不是所有的"beta.exposure" %in% names(dat)都是TRUE
> View(exposure_clumped)
我Harmonized后的数据是这样的：
解决方案
如下是上述问题的解决方案，仅供参考：
孟德尔随机化（Mendelian randomization, MR）是一种利用遗传变异作为工具变量来评估因果关系的统计方法。在 R 语言中，进行 MR 分析通常涉及到使用特定的包和函数，比如 TwoSampleMR 包。从你提供的错误信息来看，问题出现在使用 mr_singlesnp 函数时，提示说 beta.exposure 不是数据集 dat 中的所有列名。
首先，确保你的数据集 res 是正确的格式。mr 函数通常期望数据集包含某些特定的列，比如 exposure, outcome, beta.exposure, beta.outcome 等。错误信息表明 beta.exposure 不在 dat 的列名中，这可能是因为数据集的列名不匹配或者数据没有正确地加载。
以下是一些可能的解决步骤：
- 检查数据集列名：确保
res数据集中的列名与mr_singlesnp函数所期望的列名一致。
# 查看数据集列名
names(res)
- 数据清洗：如果列名不匹配，你可能需要重命名列。
# 假设你的列名是 'beta_exposure' 而不是 'beta.exposure'
names(res)[names(res) == 'beta_exposure'] <- 'beta.exposure'
-
检查数据完整性：确保所有必要的列都存在于数据集中，并且没有缺失值。
-
查看
mr函数的帮助文档：了解mr函数的输入要求。
?mr
-
检查
mr_ratio的生成：如果mr_ratio的生成没有问题，那么可能问题出在mr_singlesnp的调用上。 -
使用
TwoSampleMR包的示例数据：尝试使用TwoSampleMR包提供的示例数据来运行mr_singlesnp，以确定问题是否与你的特定数据集有关。 -
更新 R 和包：确保你的 R 和所有相关包都是最新版本。
-
查看错误报告：如果你已经在 GitHub 上报告了错误，检查是否有任何更新或建议。
-
寻求社区帮助：如果问题仍然无法解决，可以在 R 社区论坛或相关的 MR 分析社区寻求帮助。
最后，如果你需要进一步的帮助来解决这个问题，你可以提供更多的上下文信息，比如 res 数据集的结构，以及你使用的 TwoSampleMR 包的版本等。这样社区成员或开发者可以更准确地诊断问题所在。
希望如上措施及解决方案能够帮到有需要的你。
☀️写在最后
ok，以上就是我这期的Bug修复内容啦，如果还想查找更多解决方案，你可以看看我专门收集Bug及提供解决方案的专栏《CSDN问答解惑-专业版》，都是实战中碰到的Bug，希望对你有所帮助。到此，咱们下期拜拜。
📣关于我
我是bug菌，CSDN | 掘金 | InfoQ | 51CTO | 华为云 | 阿里云 | 腾讯云 等社区博客专家，C站博客之星Top30，华为云2023年度十佳博主，掘金多年度人气作者Top40，掘金等各大社区平台签约作者，51CTO年度博主Top12，掘金/InfoQ/51CTO等社区优质创作者；全网粉丝合计 30w+；硬核微信公众号「猿圈奇妙屋」，欢迎你的加入！免费白嫖最新BAT互联网公司面试真题、4000G PDF电子书籍、简历模板等海量资料，你想要的我都有，关键是你不来拿哇。
