文章题目
ETE3: Reconstruction, Analysis, and Visualization of Phylogenomic Data
期刊
Molecular Biology and Evolution
2016年
ETE (The Environment for tree Exploration)是python中的一款工具集，用来计算、分析和可视化系统发生学数据，最早发表于2010年。 ETE3是更新后的增强版本，比较突出的功能（the most notable additions）包括
- Tree building
- Testing Evolutionary Hypotheses
- Comparing Trees
- Taxonomy Databases
(自己目前也在学习这款工具，现在刚刚学习到可视化进化树这部分内容，最大的感受是做出的图片那是相当的漂亮，功能目测和R语言里的ggtree很像，相对于ggtree的不足可能是识别的文件格式有点少，ete3好像只认nexus格式，不过这个问题也不是很大，因为现在有很多各种树文件格式之间相转化的小工具，比如python中的dendropy模块；最近也尝试了Testing Evolutionary Hypotheses这部分教程的内容，自己windows下操作一直遇到报错，然后尝试在linux命令行下操作，重复到输出图片的内容时有遇到了报错，自己没有找到原因，猜测是因为缺少图形界面，目前在尝试安装虚拟机，看一下能不能解决这个问题)
更新20181118
在虚拟机下重复Testing Evolutionary Hypotheses部分内容的时候没有遇到报错；虚拟机的安装教程可以参考网易云课堂 Linux生信分析环境搭建Bio-linux 课程
