1 软件准备
bwa samtools bcftools picard psmc
2 数据准备
二倍体物种（该分析是结合杂合度来分析的）！！
Ref_genome.fa: 组装好的核基因参考序列（个体A）；
A1_R1.fa.gz,A1_R2.fa.gz: 二代重测序clean_reads（个体B）【注：必须两个个体A与B】
3 PSMC分析
##1 index reference by bwa对参考建立索引
##2 mapping 将readsmapping到参考序列
##3 将SAM格式转换为BAM
##4 对BAM格式进行排序
##5 移除重复reads
##6 建立索引
##7 生成psmc的输入文件
##8 运行PSMC分析
##9 作图
##10 结果展示
将会生成一个.eps文件，用AI或PS打开即可。
参考来源：
PSMC软件分析群体历史有效群体大小步骤 https://blog.csdn.net/zaprily/article/details/108764219
PSMC分析流程 http://www.wuchangsong.com/?p=555
mpileup命令简介 https://blog.csdn.net/u013553061/article/details/53293302
