之前看论文从全基因组重测序数据提取叶绿体的reads会使用blast，自己一直在想如何具体实施，原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-BlastMagic-Blast is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome.
The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections.
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论文题目、发表期刊及发表时间
Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads
好像还没有发表，自己是在bioRxiv上找到的论文
first posted online Aug. 13, 2018
doi: http://dx.doi.org/10.1101/390013
参考资料
- https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2018/08/22/magic-blast-accurate-dna-rna-seq-aligner/ 介绍
- https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档
下载地址
- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST 直接解压出来就是两个可执行程序
基本的使用方法
- 1、构建数据库
makeblastdb -in Malus_baccata.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out Malus_baccata-in 参考序列
-dbtype 数据类型：核苷酸和蛋白质可选
-parse_seqids 暂时还没搞懂这个参数的意思
-out 数据库的名称
- 2、比对
# 默认输入文件为fasta格式
单个fasta文件
magicblast -query reads.fasta -db Malus_baccata
两个fasta文件
magicblast -query reads.fasta -query_mate mates.fasta -db Malus_baccata
#如果输入文件为fastq格式
magicblast -query reads.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq
#双端数据
magicblast -query reads_R1.fastq -query_mate reads_R2.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq- 3、Splicing可变剪切
By default, Magic-BLAST aligns RNA reads to a genome and reports spliced alignmets. - 4、多线程
-num_threads参数
magicblast -query reads.fasta -db genome -num_threads 10
