想入生物信息学这个行业,python学习要达到什么程度
我以自己的3年的自学经历,给跟着我学习生物信息的小伙伴亲自出了13到题目,并邀请前辈录制了视频,分别是:
生信编程贴
01.生信编程很简单|02.人类基因组的外显子区域到底有多长
03.探索人类基因组序列|04.探索人类基因组注释文件
05.多个同样的行列式文件合并|06.根据GTF画基因的多个转录本结构
07.下载最新版的KEGG信息并且解析|08.写超几何分布检验!
09.根据指定染色体及坐标得到参考碱基|10.根据指定染色体及坐标得到位置信息
11.把文件内容按照染色体分开写出|12.json格式数据的格式化
生物信息Python从入门到精通
我觉得你能把这些题目独立完成,就说明在生物信息领域,你的编程能力大致是足够来工作了。
当然,去做科研算法还是不够的。
想入生物信息学这个行业,python学习要达到什么程度
我以自己的3年的自学经历,给跟着我学习生物信息的小伙伴亲自出了13到题目,并邀请前辈录制了视频,分别是:
生信编程贴
01.生信编程很简单|02.人类基因组的外显子区域到底有多长
03.探索人类基因组序列|04.探索人类基因组注释文件
05.多个同样的行列式文件合并|06.根据GTF画基因的多个转录本结构
07.下载最新版的KEGG信息并且解析|08.写超几何分布检验!
09.根据指定染色体及坐标得到参考碱基|10.根据指定染色体及坐标得到位置信息
11.把文件内容按照染色体分开写出|12.json格式数据的格式化
生物信息Python从入门到精通
我觉得你能把这些题目独立完成,就说明在生物信息领域,你的编程能力大致是足够来工作了。
当然,去做科研算法还是不够的。
生物学背景自学生物信息学,想做这方面的研究,从哪里
是问从哪里开始吗?我本科生物,研究生期间生物信息。基础自学。导师生信背景,有计算机学位。
首先一定要确定你真的喜欢计算机吗?天天写代码,跑程序,这样的日子感觉坐不住的话还是算了,更别提前期学习真的是写代码>回车>error>debug>回车>error>debug......这样的循环往复。(不过error遇得多了当可以成功执行的时候成就感还是挺突破天际的。)
基础知识包括linux基本操作,python或perl随便一门编程语言,R语言常用,要学。熟悉各大生物数据库(主要查询和下载数据),熟悉生信常用到的格式,常用软件的使用。
还有一些约定俗成的规则你学习的时候会感受到,比如软件的使用,你不可能保证把所有的软件学一遍,总会遇到新的需要尝试。一般下载软件编译之后先-h(help)或是找文件夹中的readme文件,就大概知道怎么做了。包括linux的命令,不可能全部了解,需要用的时候help一下,有什么参数是你需要的立刻就知道。个人认为主要学的就是一个套路,有了这些套路就可以以不变应万变。
1. linux
基础操作要熟悉,安装软件,基本文件操作,如果出现error要能解决。推荐《鸟哥的Linux私房菜》。
2. python or perl
编程语言主要是用来批处理各种文本和写算法(如果需要的话)。和linux一样,属于基础中的基础,相当于语言对于人类活动的作用。这个要求会一个就好,常用的就是python或perl,选一个感兴趣的学。
3. R语言
R语言算是统计工具,虽然也是一门语言,但和python,perl的区别是当遇到需要做统计的时候,写R会简单很多,而且R的作图功能强大,非常常用。
4. 数据库,例如ucsc,tcga这些。没什么说的。
5. 了解生信常用到的文本格式。比如fasta,vcf,maf等。其实都是文本,只是需要知道每种文本中的信息都是什么。
Above all,实践是学习最快的途径。用的多了就熟练了。
差不多就这些。最后说一些注意。如果研究生期间也想往生信方向转,选导师一定要选择有计算机背景的,这样才好指导你。我。。知。。道
加。。我。。私。。聊
如何通过生物信息学的方法或者软件预测某个基因到底有
ESTs序列和基因芯片技术,运用生物信息学方法搜寻,运用蛋白质组学、功能基因一旦发现有助于提高农作物产量的基因,可应用先进的生物技术,将其介导进农两个差别很大的领域
生物信息学很大部分是做计算的 (dry lab)
基因工程很大部分是做实验的 (wet lab)