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人类肠道菌群参考序列数据库

陆公子521 2022-09-01 阅读 125

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  • ​​人类微生物组计划HMP​​
  • ​​国家基因库MDB​​
  • ​​culturable genome reference (CGR)​​
  • ​​GMrepo​​
  • ​​Custom database​​

人类微生物组计划HMP

​​https://commonfund.nih.gov/hmp​​

国家基因库MDB

​​https://db.cngb.org/microbiome/​​

  • Human Gut (9.9M)
    ​​https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/genecatalog_human/​​ reference: Li, J. et al. An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome. Nat. Biotechnol. (2014)
    又见:​​IGC​​
  • Human Gut (11M)
    ​​https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/genecatalog/?gene_name=Human%20Gut%20(11M)​​ 欧洲人250例双胞胎,包含了以上9.9M。
    reference: Xie, H. et al. Shotgun Metagenomics of 250 Adult Twins Reveals Genetic and Environmental Impacts on the Gut Microbiome. Cell Syst. 0, 32–46 (2016).

culturable genome reference (CGR)

reference:​​https://www.nature.com/articles/s41587-018-0008-8​​​​​​

​​https://db.cngb.org/microbiome/project/CNP0000126/​​

GMrepo

包含了涉及92个表型的253个项目的58903个人类肠道samples/runs (包括17618个宏基因组和41285个扩增子。
​​​https://gmrepo.humangut.info/home​​ reference:Wu, S. et al. GMrepo: a database of curated and consistently annotated human gut metagenomes. Nucleic Acids Res (2019)

Custom database

有个实验室定制的参考序列,比较久了。
​​​http://raeslab.org/companion/gutsequencedb/​​

待说明



作者:Bioinfarmer,请关注同名微信公众号:Bioinfarmer。


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