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跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图

论文是

Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population

数据和代码的github主页链接

​​https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP​​

这个也是数据代码的下载链接,可以看目录结构

​​https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic​​

今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig. 10

跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图_数据分析

image.png

论文中做数据计算和做这个图定义了一个很长很长的函数,这里只介绍作图代码,数据计算的过程我还看不懂

这里主要有两个数据,一个是热图颜色的数据,另外一个是加减号的文本数据,部分示例数据集如下

跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图_数据_02

image.png

跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图_数据集_03

image.png

读取数据

dat01<-read.csv("ExtendedFig10_01.csv",
header=TRUE,
row.names = 1)

dat02<-read.csv("ExtendedFig10_02.csv",
header=TRUE,
row.names = 1)

他这里还设置了一些额外参数,我保存到abc.Rdata这个数据集里了,加载这个数据集

load("abc.Rdata")

作图代码

pheatmap(dat01,
annotation_row = NULL,
annotation_names_row = T,
labels_row = rownames(dat01),
legend = T,
show_rownames = T,
cluster_rows = clusterFeatures,
cluster_cols = clusterPhenos,
angle_col = 90,
fontsize_number = textSize,
border_color = "#EEEEEE",
na_col = "white",
fontsize = legendTextSize,
treeheight_row = 0,
treeheight_col = 0,
legend_labels = "sig*log(p-value)",
color = myColor,
fontsize_col = colTextSize,
fontsize_row = rowTextSize,
display_numbers = dat02,
breaks = myBreaks,
cellwidth = cellWidth,
cellheight = cellHeight,
filename = NA)

跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图_数据_04

image.png

这里参数有点多,就不在推文里介绍了,争取录制视频介绍吧

示例数据和代码可以在公众号后台回复 20220531 获取

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跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图_数据集_05

image.png

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