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对角矩阵统计图,so easy!

问题

群友发来一个问题,来自一篇文献中的图。

对角矩阵统计图,so easy!_数据

分析

这幅图很明显是一个对角矩阵的统计图形,用R中GGally包的ggpairs() 函数就可以快速绘制。

案例如下:

library(GGally)
head(tips)
pm <- ggpairs(tips)
pm

对角矩阵统计图,so easy!_生物信息_02

对角矩阵统计图,so easy!_数据_03

绘图

我将模拟一个数据绘制。

library(GGally)
library(ggplot2)

# 模拟数据
set.seed(123)
data <- data.frame(CT_19 = rnorm(200), CT_20 = rnorm(200), PT_19 = rnorm(200), PT_20 = rnorm(200))

# 为数据添加分组变量
data$Group <- factor(rep(c("A", "B"), each=100))
head(data)

# 创建散点图矩阵,排除Group变量
p <- ggpairs(data[,-5], 
        aes(color = data$Group), 
        upper = list(continuous = wrap("cor", size = 3)),
        lower = list(continuous = "points"),
        diag = list(continuous = "densityDiag"),
        axisLabels = 'show',
        progress = FALSE)
p

对角矩阵统计图,so easy!_生物信息_04

对角矩阵统计图,so easy!_数据_05

也可自定义分组颜色。

p + scale_color_manual(values=c("#E69F00", "#56B4E9"))

对角矩阵统计图,so easy!_Group_06

更多用法请参考R文档:
https://www.rdocumentation.org/packages/GGally/versions/2.2.0


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