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在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix

stringtie官网提供了prepDE.py文件,用于提取表达矩阵gene_count_matrix.csv和transcript_count_matrix.csv.

通过修改prepDE.py的部分代码,可以用同样的方法提取fpkm和tpm。
如果懒得看代码、改代码,可以直接下载我修改好的。

用法如下

进入ballgown文件夹(由stringtie生成,包含所有样本),将prepDE.py/getFPKM.py/getTPM.py脚本拷贝至当前文件夹,

cp /……/prepDE.py ./

使用python命令直接运行脚本,注意需要使用python2

python prepDE.py

输出结果分别为:
gene_count_matrix.csv和transcript_count_matrix.csv
gene_fpkm_matrix.csv和transcript_fpkm_matrix.csv
gene_tpm_matrix.csv 和 transcript_tpm_matrix.csv

:ballgown文件夹中除了stringtie输出的文件夹,不能包含其他文件夹,否则会报错。

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