笔试算法《DNA序列》

描述
一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成。G和C的比例（定义为GC-Ratio）是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目（也就是序列长度）。在基因工程中，这个比例非常重要。因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点。

给定一个很长的DNA序列，以及限定的子串长度N，请帮助研究人员在给出的DNA序列中从左往右找出GC-Ratio最高且长度为N的第一个子串。
DNA序列为ACGT的子串有:ACG,CG,CGT等等，但是没有AGT，CT等等
输入描述：
输入一个string型基因序列，和int型子串的长度

输出描述：
找出GC比例最高的子串,如果有多个则输出第一个的子串

示例1
输入：
ACGT
2

输出：
CG

说明：
ACGT长度为2的子串有AC,CG,GT3个，其中AC和GT2个的GC-Ratio都为0.5，CG为1，故输出CG
示例2
输入：
AACTGTGCACGACCTGA
5

输出：
GCACG

说明：
虽然CGACC的GC-Ratio也是最高，但它是从左往右找到的GC-Ratio最高的第2个子串，所以只能输出GCACG

代码

public class HuaweiDNA序列 {

    public static void main(String[] args) throws IOException {
        BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
        String str = null;
        while ((str = br.readLine()) != null) {
            char[] chars = str.toCharArray();
            int n = Integer.parseInt(br.readLine());
            int index = 0;
            int max = 0;
            int l = 0;
            int start = 0;
            int tempMax = 0;
            for (int i = 0; i < chars.length; i++) {
                l++;
                if (chars[i] == 'G' || chars[i] == 'C') {
                    tempMax++;
                }
                if (l == n) {
                    max = tempMax;
                    start = index;
                } else if (l > n) {
                    if (chars[index] == 'G' || chars[index] == 'C') {
                        tempMax--;
                    }
                    if (tempMax > max) {
                        max = tempMax;
                        start = index + 1;
                    }
                    index++;
                }
            }

            System.out.println();
            for (int i = start; i < start + n; i++) {
                System.out.print(str.substring(start, start + n));
            }
        }
    }

    /**
     * 牛客网解法
     */
    public static void niuke() throws Exception {
        BufferedReader bf = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
        String str = null;
        while ((str = bf.readLine()) != null) {
            int num = Integer.parseInt(bf.readLine());
            int count = 1;
            int max = 1;
            int left = 0;
            for (int i = 1; i < str.length() - num; i++) {
                char pre = str.charAt(i - 1);
                char nex = str.charAt(i + num - 1);
                if (pre == 'G' || pre == 'C')
                    count--;
                if (nex == 'G' || nex == 'C')
                    count++;
                if (count > max) {
                    max = count;
                    left = i;
                }
            }
            System.out.println(str.substring(left, left + num));
        }
    }

}