0
点赞
收藏
分享

微信扫一扫

Day2 R (Rstudio) 的更新,R 中包的安装与更新

ITWYY 2022-02-10 阅读 218
r语言

1. R (Rstudio) 的更新与安装

  • R 的安装请参考官网。
  • R的更新:

Windows:

install.packages(“installr”) 
require(installr) 
updateR()

Mac:

#安装devtools包(如果已经安装 跳过此步,进入到下一步)
install.packages('devtools')
library('devtools')
 
#安装updateR
install_github('andreacirilloac/updateR')
library(updateR)
 
#更新
updateR(admin_password = 'User password')

这里还有个知乎帖子介绍在mac上用homebrew的方法:https://www.zhihu.com/question/420467033

  • Rstudio 更新:
    请添加图片描述

2. R中包的相关操作

2.1 安装

2.1.1 代码安装

install.packages('packages_name')

Example:

install.packages('ggplot2')
install.packages(c('包名1','包名2','包名3'))

国内的话可以改一下镜像(推荐用清华的镜像站):

site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"  #清华的镜像站
install.packages("ggplot2", repo=site)  

#多个R包批量安装
ins_pac = c("ggraph", "GOSemSim", "biomaRt", "enrichplot", "GenomicFeatures")
install.packages("ins_pac", repo=site)   

# 也可以直接设置option里的镜像
options(repos=structure(c(CRAN="https://cran.cnr.berkeley.edu/"))) #伯克利的镜像
install.packages("pacman")

2.1.2 菜单栏中查找安装

2.2 升级

2.2.1 用代码升级

update.packages()

update.packages('ggplot2')

# 这里还有个代码可以直接升级所有R包
install.packages("rvcheck")
library(rvcheck)
update.packages()
update_all()

2.2.2 菜单栏中升级

点击Tool >> Check for Package Updates…:

或点击Rstudio 右下角Packages>>Update:

之后在弹出的对话框里可以选择包升级,或者升级全部:

2.3 加载

#library函数:直接加载包,不管这个包是否已经被加载。
library(包名)

#require函数:如果包已经被加载,则不加载。
require(包名)

#library一次载入多个包
pack_all <- c("ggplot2", "dplyr", "tidyr")
sapply(pack_all, require, character.only = T)

2.4 查看

#查看已经加载了哪些包。
(.packages())
sessionInfo()   #查看R中载入的包

#查看已经安装了哪些包。
installed.packages()

#查看已经安装的包目录
library()   

#查看启动R时自动载入的包。
getOption("defaultPackages") 

#查看已安装的某个包的使用说明。
help(package = "包名")

#查看包的安装位置。
.libPaths()

#查看自己的电脑可以安装哪些包。
available.packages()

2.5 卸除和卸载

  • 卸除:
    detach("package:包名")
    detach("package:包名", unload=TRUE)
    示例:
detach(“package:RMySQL”)
# 注意是卸除,不是卸载,也就是说不是把包从R运行环境中彻底删除,只是不希望该包被加载使用。在包使用函数冲突,检验函数依赖时比较有用。

detach() 函数:Detach a database, i.e., remove it from the search() path of available R objects. Usually this is either a data.frame which has been attached or a package which was attached by library. 详见?detach()

  • 彻底删除已安装的包:
    remove.packages(pkgs, lib)
    参数:
参数描述
pkgsa character vector with the names of the packages to be removed. 可以卸载多个包,如c(“pkg1”,”pkg2”)
liba character vector giving the library directories to remove the packages from. If missing, defaults to the first element in .libPaths(). R的库路径,字符向量,通常情况下只输一个路径即可。使用命令.libPaths()可以查看库路径。

示例:

remove.packages(c(‘ggplot2’),lib=file.path(‘C:\\Work\\R\\R-4.1.2\\library’))
举报

相关推荐

0 条评论