使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

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MEME-ChIP是一款综合性的motif分析软件，集成了以下几款软件

1. MEME
2. DREME
3. CentriMo
4. Tomtom
5. FIMO
6. SpaMo
   

适用于分析数据量较大的序列上的motif信息。首先通过​​MEME​​​和​​DREME​​​两款软件预测de novo motif, 然后利用​​CentriMo​​​识别在序列的中心区域显著富集的motif, 同时采用​​Tomtom​​​软件将预测到的de novo motif与指定数据库的已知motif进行比对，确定二者的相似度。最后利用​​FIMO​​软件预测motif在输入序列上的结合位点。

在线工具的网址如下

​​http://meme-suite.org/tools/meme-chip​​

只需要提供输入序列就可以了

默认情况下，自动提取输入序列中心区域上下游各50bp的序列用于后续分析，因为​​DREME​​软件针对长度在100bp左右的序列其效果最佳。

输出结果如下所示

第一列为motif对应的sequence  logo, 第二列为识别到给motif对应的软件，第三列为motif对应的E value, 第四列为​​Tomtom​​​比对得到的已知motif, 第五列为​​Centrimo​​​分析得到的motif结合位点在输入序列上的分布，最后一列为​​SpaMo​​​和​​FIMO​​​软件的分析结果，其中​​GFF3​​文件保存在motif在输入序列上的结合位点。

命令行版本的基本用法如下

meme-chip \
-meme-p 6 \
-oc out_dir \
-db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \
input.fna

其中​​-meme-p​​​指定运行​​MEME​​​时的线程数，​​MEME​​​这个软件的运行速度减慢，多线程可以提高运行速度,​​-db​​参数指定已知motif的数据库，在该软件的官网提供了motif的数据库供下载。

相比​​MEME​​​和​​DREME​​​, ​​MEME-ChIP​​功能更加的强大。

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