LeafcircBase:植物环状RNA数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

LeafcircBase收录了以下5种植物模式生物的环状RNA信息

1. Arabidopsis thaliana
2. Glycine max
3. Oryza sativa
4. Triticum aestivum
5. Zea mays
   

采用以下两款软件来预测环状RNA

1. find_circ
2. circRNA_finder
   

通过官网的​​Browse​​菜单，可以浏览不同物种对应的环状RNA数据

以拟南芥为例，结果示意如下

点击来源基因的名称，可以跳转到对应的数据库。点击右上角的Download按钮，可以下载所有结果，点击​​Datails​​可以查看环状RNA的详细信息，示意如下

可以看到对应的软件。如果在其他物种中存在同源，还会列出同源环状RNA的信息，示意如下

通过该数据库，不仅可以查看植物中环状RNA的信息，还可以查看在不同物种间的同源性。

该数据库中的结果是可以下载的，在下载的excel文件中，还可以看到每个环状RNA对应的样本在SRA数据库中的编号。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！