【数据处理】python将GO注释结果整理为WEGO文件

通常，比对NR库后为m8格式，通过NR和GO数据库对应关系文件，写代码整理为Gene——>GO文件，如下：

这里是一对一的关系，要转换为WEGO格式文件，即一对多关系，如下：

用python脚本处理代码示例如下：

#! /usr/bin/env python
import optargs
import os
import sys

usage='''
    tidy go annotation file to wego file
'''

option = optparse.OptionParser(usage)
option.add_option('','--infile',help='* annot file',default='')
option.add_option('','--outfile',help='* outfile',default='')

(opts,args) = option.parse_args()
infile = opts.infile
outfile = opts.outfile

def main():
    acc2go = {}
    res = open(outfile,'w')
    for line in open(infile,'r'):
        line = line.strip().split('\t')
        if len(line) < 2: continue
        accession = line[0]
        go = line[1]
        acc2go.setdefault(accession, set()).add(go)

    for acc,goi in acc2go.items():
        res.write("%s\t%s\n"%(acc, "\t".join(goi)))
    res.close()

if __name__ == '__main__':
    if len(sys.argv) < 2:
        os.system("python %s -h"%(sys.args[0]))
        sys.exit(1)
    else:
        main()

作者：Bioinfarmer，请关注同名微信公众号：Bioinfarmer。