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R 语言多模型QQ plot

多模型QQ plot结果绘制到一张图里。

绘图

我们利用R语言ggplot包绘制qqplot,所有命令都整合到一个脚本中了。命令运行示例:

Rscript qq_plot_group.r -i H.pvalue.txt -n H.qq -o ./ -T H

-i:跟输入文件,使用GWAS分析结果文件。文件需包含3列,列之间用Tab键分隔,第一二列为snp所在的染色体及位置信息,第三列为snp的pvalue值,第四列为使用的模型名称。如下图所示:

-n:设置输出文件名称。

-o:设置输出目录。

-T:设置图片title。

生成图片如下:

此外,可以对点的大小和形状进行设置:

Rscript qq_plot_group.r -i H.pvalue.txt -n H.qq -o ./ -T H -P 2 -S 21

-P:设置点大小。

-S:设置点的形状(取值范围:0-25),具体参考https://www.omicsclass.com/article/475。

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