多模型QQ plot结果绘制到一张图里。
绘图
我们利用R语言ggplot包绘制qqplot,所有命令都整合到一个脚本中了。命令运行示例:
Rscript qq_plot_group.r -i H.pvalue.txt -n H.qq -o ./ -T H
-i:跟输入文件,使用GWAS分析结果文件。文件需包含3列,列之间用Tab键分隔,第一二列为snp所在的染色体及位置信息,第三列为snp的pvalue值,第四列为使用的模型名称。如下图所示:
-n:设置输出文件名称。
-o:设置输出目录。
-T:设置图片title。
生成图片如下:
此外,可以对点的大小和形状进行设置:
Rscript qq_plot_group.r -i H.pvalue.txt -n H.qq -o ./ -T H -P 2 -S 21
-P:设置点大小。
-S:设置点的形状(取值范围:0-25),具体参考https://www.omicsclass.com/article/475。