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mirbase数据库简介

zhoulujun 2022-06-21 阅读 57

欢迎关注”生信修炼手册”!

miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库,该数据库中收录了来自200多个物种,接近4万个miRNA的信息,是最全面的miRNA数据库,网址如下

​​http://www.mirbase.org/index.shtml​​

我们可以方便的检索和浏览该数据库中的信息,以human为例, 在​​Browse​​菜单中,可以检索到hman的所有miRNA前体,示意如下

mirbase数据库简介_ide

​ID​​​代表miRNA前体的名字, ​​Accesion​​​代表miRNA 前体的编号;​​RPM​​​为Reads perl million  mapped的缩写,代表miRNA前体的表达量;​​Chromosome​​​, ​​start,​​​end​​,​​​strand​​表示miRNA前体所在的染色体位置信息,​​Confidence`表示可信度。

以​​hsa-let-7a-1​​为例, 点击该链接可以查看详细信息,在详情页面,可以得到这个miRNA前体对应的基因,序列,茎环结构等信息

mirbase数据库简介_perl_02

还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序列和对应的靶标数据库,示意如下

mirbase数据库简介_数据库_03

miRNA靶标注释可以分成以下两大类

1. validated targets

实验验证的靶标结果,对应的数据库如下

  • MIRTARBASE
  • TARBASE

2. predicted targets

软件预测的结果, 对应的数据库如下

  • DIANA-MICROT
  • MICRORNA.ORG
  • MIRDB
  • RNA22-HSA
  • TARGETMINER

该数据库是免费下载的,ftp地址如下

ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/

mirbase数据库还可以为新发现的miRNA指定名称,首选在线提交你的novel micoRNA 的序列,格式如下

mirbase数据库简介_ide_04

然后会以邮件的形式,给你的新的miRNA 进行命名, 格式遵循miRNA命名的统一规范。

·end·

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