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GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

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GEO数据库中的数据是公开的,很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析,其中差异表达分析是最常见的分析策略之一,为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据,官网提供了一个工具​​GEO2R​​, 可以方便的进行差异分析。

从名字也可以看出,该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的

  1. GEOquery
  2. limma

​GEOquery​​​用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中;​​limma​​是一个经典的差异分析软件,用于执行差异分析。

一组样本在GEO数据库中用​​series​​​表示,比如​​GSE25724​​, 包含了case和control两组样本,case组包含6个生物学重复,control组包含7个生物学重复,共13个样本,链接如下

​​https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25724​​

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析_r语言

在网页上可以看到​​GEO2R​​​的按钮,点击这个按钮就可以进行分析了, 除了差异分析外,​​GEO2R​​还提供了一些简单的数据可视化功能。

1.  Value distribution

该选项用箱线图展示所有样本中表达量的分布,结果示意如下

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析_数据库_02

2. Profile graph

该选项用于展示某个探针/基因在所有样本中的分布,结果示意如下

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析_r语言_03

点击​​Sample values​​, 可以看到对应的表达量值,示意如下

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析_数据库_04

​GEO2R​​进行差异分析的步骤如下

1. 定义样本分组

通过​​Define groups​​按钮定义样本分组,首先输入一个group的名字,然后选择对应的样本,示意如下

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析_数据_05

2. 参数调整

通过页面下方的​​Options​​菜单,可以调整差异分析时的参数,示意如下

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析_r语言_06

第一个参数用于选择多重假设检验的P值校正算法,第二个参数表示是否对原始的表达量进行log转换,第三个参数调整最终结果中展示的对应的platfrom的注释信息,是基于客户提供的supplement  file中的信息, 还是使用​​soft​​文件中的信息。

3. 执行

点击如下所示的​​Top 250​​按钮,执行差异分析。

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析_r语言_07

结果示意如下,在页面上只显示最显著的250个差异基因

GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析_数据库_08

全部基因的结果可以通过​​Save all results​​​导出,通过​​GEO2R​​, 可以在没有任何编程基础的情况下,顺序的完成差异分析。

·end·

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