circos 可视化手册- images 篇

​​image​​​这个block是circos内置的​​block​​​之一，其配置文件为软件安装目录下的​​etc/image.conf​​。内容为

默认的​​image​​的配置由两个文件决定

1. image.generic.conf
2. background.white.conf

​​image.generic.conf​​文件内容如下

包含以下几个属性

1. dir
   ​​dir​​指定生成的图片的目录，​​.​​代表当前目录
2. file
   ​​file​​指定生成的图片的名字，默认为​​circos.png​​
3. png
   ​​png​​指定生成的图片的格式，​​yes​​代表生成png格式的图片
4. ​​svg​​​​svg​​指定生成的图片的格式，​​yes​​代表生成svg格式的图片
5. radius
   ​​radius​​指定图片半径的大小，由于​​circos​​是圆形布局，所以用圆的半径来控制图片大小，生成的图片是正方形的，边长为​​2 * radius​​
6. angle_offset
   ​​angle_offset​​指定起始染色体的偏移角度，默认起始的角度为​​0​​度，对应表盘上3点钟位置，​​angle_offset = -90​​ , 第一条染色体位于表盘上12点钟位置，
7. auto_alpha_colors
   ​​auto_alpha_colors​​代笔对颜色添加透明度，在原来RGB颜色的基础上，添加一个alpha透明度属性，
8. auto_alpha_step
   ​​auto_alpha_step​​指定透明度的大小，取值范围0-100, 默认值为​​5​​

​​background.white.conf​​文件只有一行内容

background = white

指定生成的图片的背景色，可以看到这里为白色，所以默认生成的图片背景色都为白色。

在使用时，我们通常只调用系统内置的​​image​​的配置文件就可以了，写法如下

此时​​image​​​的相关配置就是系统默认配置，当我们想要改变其中某项默认配置时，比如修改背景色为黑色，需要使用​​*​​操作符，示例如下

在想要修改的参数后面添加​​*​​, 然后重新赋值即可。

对于​​background​​, 有两点需要注意

1.背景色可以设置成透明

写法如下

background = transparent

2.背景除了可以是颜色之外，也可以是另外一幅图

写法如下：

background = background.png

要求背景图片的格式必须为​​png​​，而且大小必须和输出图片的大小完全一致。

最后看一个更换背景色的例子