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circos 可视化手册-links 篇

​highlights​​​用于展示基因组上特定的区域的分布,通常情况下,还需要展示不同区域之间的关联,比如融合基因,CNV等信息,这样的信息就通过​​links​​ 这个block 进行展示。

links 用于描述两个区间之间的关系,其用法和​​highlights​​类似, 示例如下

circos 可视化手册-links 篇_贝塞尔曲线

所有的​​link​​​都包含在 ​​links​​​中,在​​links​​​下定义的属性是全局的属性,每个​​link​​会继承全局属性,  也可以重新定义,覆盖掉全局的属性。

​file​​参数定义了用于展示的数据信息,有两种定义方式

1. 一行定义一对

文件共有6列,使用空格分隔;每一行表示一对有联系的区域,前3列和后3列分别定义一个区域

circos 可视化手册-links 篇_贝塞尔曲线_02

2. 两行定义一对

区间的定义和第一种格式类似,都是染色体,起始和终止位置;唯一不同的是在第一列增加了links ID, links ID 是唯一的,每两行代表一对有联系的区域

circos 可视化手册-links 篇_贝塞尔曲线_03

links的基本展示形式如下:

circos 可视化手册-links 篇_连线_04

通过一段曲线将两个区域连接起来,可以看到,所有曲线的最外围位于同一个圆上。

​radius​​​ 定义最外围的圆的半径,控制links 区域的大小, 用法如下 ​​radius = 0.4r​​​;

​​​color​​​ 定义了连线的颜色, 用法如下 ​​color = black​​;

​thickness​​​ 定义了连线的粗细程度,用法如下 ​​thickness = 1​​;

​z​​ 定义了link的优先级,当连线重叠时,优先级越高的越先显示;

在​​links​​中,外观上最需要调整的是曲线的弯曲程度,有3个参数控制曲线的弯曲程度:

  1. bezier_radius
  2. crest
  3. bezier_radius_purity

曲线采用了贝塞尔曲线的方式来构造, ​​bezier_radius​​ 定义了贝塞尔曲线的控制点的位置, 不设置这个参数时,连线是一条直线, 示意图如下:

circos 可视化手册-links 篇_连线_05
​​​crest​​​在​​bezier_radius​​的基础上新增了两个控制点,示意图如

circos 可视化手册-links 篇_数据_06

​bezier_radius_purity​​​控制有效的​​bezier_radius​​​,示意图如下
circos 可视化手册-links 篇_连线_07

除了上述的曲线外,​​links​​​还提供了​​ribbon​​的展示形式,用法如下

circos 可视化手册-links 篇_贝塞尔曲线_08

生成的效果图:

circos 可视化手册-links 篇_贝塞尔曲线_09

在​​ribbon​​​的展示形式中,​​color​​​ 指定填充色,​​stroke_color​​​指定边框的颜色,​​stroke_thickness​​ 指定边框的粗细。

以上就是​​links​​​的基本参数和使用方法。在​​links​​​中还可以结合​​rules​​, 更加灵活的展示数据,在后续的文章中在详细介绍

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