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haploview进行连锁不平衡分析

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haploview 是基于图形界面的软件,其界面设计良好,用法简单,是进行连锁不平衡分析的主流软件之一。

需要两个输入文件, 后缀分别为​​ped​​​和​​info​​​。​​ped​​​文件保存的是样本的基因分型结果,这种格式在之前的文章中详细介绍过了;​​info​​文件保存的是SNP位点的ID和位置信息,内容如下

IGR1118a_1  274044
IGR1119a_1 274541
IGR1143a_1 286593

第一列为SNP位点的ID, 第二列为SNP位点在基因组上的位置。

1. 导入输入文件

点击​​Linkage Format​​​菜单,然后选择对应的输入文件。Data File 指定输入的​​ped​​​文件,Locus Information File 指定输出的​​info​​​文件,如果​​ped​​​和​​info​​​文件同名,在指定Data File的同时,程序会自动识别info文件;Ignore pairwise comparisons of markers 指定计算LD的范围,默认只对距离在500kb以内的SNP位点分析连锁不平衡,可以根据自己的需要进行调整,比如调整到1000Kb;Exclude individuals 对样本进行过滤,默认基因型缺失的比例大于50%的样本被剔除。当所有参数设置好之后,点击​​OK​​按钮即可。

haploview进行连锁不平衡分析_后缀

2.  对输入的SNP位点进行过滤

​check markers​​​可以对输入的SNP位点进行过滤, 可以根据​​HW pvalue​​​, ​​Min genotype​​​, ​​mendel error​​​, ​​MAF​​​等阈值过滤。设置好相应的阈值之后,点击​​Rescore Markers​​​按钮,就可以根据阈值过滤了,最后一列的​​Rating​​如果勾选上了,表示该SNP位点符合要求。

haploview进行连锁不平衡分析_右键_02

3. LD plot

点击​​LD plot​​​ 按钮,就可以看到如下所示的连锁不平衡的热图;每个格子代表了两个SNP位点之间的LD分析结果,颜色从白色到红色,代表连锁程度从低到高。右键点击格子,可以看到LD分析的详细结果。方框中的数值为​​D'​​​值,为了美观,这里乘以了100。通过最上方的​​Display​​​按钮,可以调整热图的外观。
相互之间高度连锁的SNP位点构成了​​​haplotype block​​, 比如下图中的1-8构成了block1, 长度为84kb。

haploview进行连锁不平衡分析_文件保存_03

4. haplotypes

基于LD分析的结果,可以去定义一个haplotype block。  通过最上方的​​Analysis​​​按钮,可以调整计算​​haplotype block​​的算法

haploview进行连锁不平衡分析_后缀_04

5. Tagger

​Tagger​​​按钮用于挑选tagSNPs, ​​Configuration​​有两个用途,第一个是筛选SNP位点,通过勾选对应的单选框,可以指定想要进行分析的SNP位点;第二个用途是指定tagSNPs挑选的算法,默认是pairwise tagging only。

haploview进行连锁不平衡分析_右键_05

设置好之后,点击​​Run Ragger​​按钮,就可以了,结果界面如下

haploview进行连锁不平衡分析_右键_06

​Test​​ 框中显示的就是挑选出的tagSNPs, 鼠标左键单击每个SNP位点,在下方的Alleles captued by Current Selection 框中,会显示该tagSNP代表的其他SNP位点。右侧的表格展示了每个SNP位点对应的最佳的tagSNP。通过下方的Dump Tests File和Dump Tags File按钮可以导出结果。

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haploview进行连锁不平衡分析_右键_07


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