1.连锁不平衡（LD）概念

连锁不平衡（LD）是指不同位点等位基因的非随机关联。LD 的衰减是受重组率和重组代数影响的，研究 LD 的衰减可以揭示群体重组的历史。

假如位于同一染色体的两个等位基因（AB）同时存在的概率大于人群中因随机分布而同时出现的概率，称这两点处于LD状态。

2.LD的度量

一般在LD的度量中最常见的是D'和r2。

当D'=0，r2=0时，处于完全连锁平衡状态

当D'=1，r2=1时，处于完全连锁不平衡状态。

其中，从0-1之间的度量越高，LD越高，如果两个位点连锁，连锁程度也越高。

3.计算LD的软件和使用方法：PopLDdecay

3.1.安装：Linux系统

3.2.计算LD Decay

Note:

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软件参数使用：

参考：https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay/blob/master/Manual.pdf