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【CytoTRACE】trajectory reconstruction analysis

冬冬_79d4 2022-04-25 阅读 39
r语言

cytotrace有网页端和R包,后者不好用。

CytoTRACE

web端分析,分为单个dataset和多个需要整合的dataset.单样本主要用CytoTRACE功能,多样本、多batch、甚至10x和smart-seq2这种不同平台的,用conbat进行批次效应去除。

对于前者(单样本)需要:

1,表达矩阵,首行为细胞名,首列为基因名。不要pre filter genes,也不要normalization(但是log2,TPM可以,只要表达量不要出现负值就行)

A1那格可以瞎填一个 

2,phenotype table。第一列是细胞id,与表达矩阵相对应。第二列是cell label。注意此表不要包括headers

 

对于后者(多个样本),每个dataset各自准备好上述两个文件即可,多余5个dataset只能用R包分析。

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