0
点赞
收藏
分享

微信扫一扫

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?

odd ratio称之为交叉乘积比,对于如下所示的数据

Allele

A

a

Case

a

b

Control

c

d

其计算公式如下

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据

这里的A表示minor alllel, a表示major allel,以major allel为参照,用minor alllel的频数去除以参照的频数。然后用case组的比值除以control组的比值就可以得到odd ratio的值了。

那么odd ratio的置信区间如何计算呢?首先将odd raio值取log, 然后用log odd raio来进行分析,计算其标准误,公式如下

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据库_02

对于95%的置信区间,直接套用公式进行计算

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据库_03

以​​rs4970383​​为例,显性模型中基因型统计如下

genotype

AA+Aa

aa

Case

9

3

Control

5

7

隐性模型中基因型统计如下

genotype

AA

Aa + aa

Case

1

11

Control

2

10

其OR值和对应的置信区间结果如下

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据分析_04

在R中用上述公式进行计算,代码如下

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据_05

可以看到,结果完全一致。对于其他的置信区间,只需要将95%对应的1.96换成其他系数即可。对于如下所示的钟型曲线,根据置信度计算两侧的概率累计值

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据库_06

然后求解对应的z值即可,计算方法如下

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据库_07

值得强调的是,逻辑回归中的回归系数就是log odd raio,所以对比plink逻辑回归输出的OR和BETA值,可以发现,将OR值取log之后就是BETA值

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据库_08

在R中进行验证

odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据库_09

这里我们可以得出结论,OR值置信区间的计算实际上就是根据逻辑回归的回归系数,即log odd ratio推导出来的。

·end·


odd ratio置信区间的计算,你学会了吗?_数据库_10

生物信息入门

只差这一个

公众号


举报

相关推荐

0 条评论