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染色体坐标排序的两个方法

大漠雪关山月 2022-02-12 阅读 76
pos_df=do.call(rbind,lapply(1:10, function(i){
  data.frame(gene=paste0('gene',i,LETTERS),
             chr=sample(paste0('chr',1:22),26,replace = T),
             start= sample(1:1000,26))
}))
pos_df=pos_df[with(pos_df,order(chr,start)),]
pos_df$chr=as.factor(pos_df$chr)
plot(pos_df$chr,pos_df$start,las=2)

首先我们的排序并没有按照染色体顺序,而是

> levels((pos_df$chr))
 [1] "chr1"  "chr10" "chr11" "chr12" "chr13" "chr14" "chr15" "chr16"
 [9] "chr17" "chr18" "chr19" "chr2"  "chr20" "chr21" "chr22" "chr3" 
[17] "chr4"  "chr5"  "chr6"  "chr7"  "chr8"  "chr9" 
> 

这种情况下sort这个向量其实是没有意义的, 有两个方案可以解决它!

首先是设置因子的水平即可

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