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从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA信息

犹大之窗 2022-05-04 阅读 86

1. 在genome 数据库中输入目标物种Genome List - Genome - NCBI

输入目标物种

fliters 过滤,选择基因组装水平,宿主等

 download 下载genome 数据结果——可获得基因组序列文件下载地址和对应的BioSample ID

2. 提取 BioSample,另存在文本文件中 

3. 使用NCBI Batch Entrez在BioSample数据库中下载相关信息得到SRA

Batch Entrez (nih.gov)

 4. 在左边进行信息过滤,如过滤出能获取SRA文件的信息

 send to 下载result,便可获得SRA信息

 5. 写程序提取BioSample ,SRA ,Organism信息

 6. 将organism信息去重复后另存为文本文件

 

 7. 使用NCBI Batch Entrez在Taxonomy数据库中获取lineage

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