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NCG:肿瘤驱动基因数据库

驱动基因的识别是肿瘤基因组学研究中的一项重要内容,NCG是一个肿瘤驱动基因的数据库,目前最新版本为v6.0, 网址如下

​​http://ncg.kcl.ac.uk/index.php​​

共收录了2372个驱动基因,分成以下两个部分

  1. 711 Known cancer genes
  2. 1661 Candidate cancer genes

对于每个基因,提供了多种注释信息,以​​PTEN​​为例,包含以下几个部分的注释信息

1. General information

提供了基因在NCBI, Ensembl, Uniprot等数据库的链接,同时也提供了蛋白结构域SMART, 体细胞突变COSMC,相关疾病​​OMIM​​等数据库的链接,示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_php

2.  Cancer Information

提供了该基因相关的肿瘤信息,以COSMIC数据库和对应的pubmed文献链接的形式查看,示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_新版本_02

3. Orthology

提供了该基因在不同物种间的同源信息,示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_数据库_03

4. Gene Expression in Normal Tissues

提供了来自以下两个数据库中的基因表达量信息

  1. GTEx
  2. HPA

NCG:肿瘤驱动基因数据库_php_04

5. Protein Expression in Normal Tissues

提供了来自HPA数据库中的蛋白质表达量信息,结果示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_新版本_05

6. Protein Function

提供了来自以下3个数据库的功能注释

  1. KEGG
  2. Reactome
  3. BioCarta

结果示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_php_06

7. Duplicablity

通过blat比对的方式鉴定在该基因在基因组上的同源区域,结果示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_php_07

8. Network Properties

利用BioGRID, MIntAct, DIP, HPRD, Reactome等数据库,提供了该基因与其他基因的互作网络,由蛋白互作和蛋白复合体两部分构成,结果示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_新版本_08

9. Gene Expression in Cancer Cell Lines

提供了来自CCLE数据库的基因表达量信息,结果示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_php_09

10. Gene Essentiality

利用PICKLES, OGEE数据库对基因的重要程度进行评分,结果示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_新版本_10

11. miRNA-Gene interactions

利用miRTarBase, miRecords 数据库中的miRNA靶基因信息,提供了该基因与miRNA的调控网络,结果示意如下

NCG:肿瘤驱动基因数据库_新版本_11

通过该数据库,可以快速检索肿瘤的驱动基因,并对基因的各种注释信息进行查看和分析。

·end·

NCG:肿瘤驱动基因数据库_php_12

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