PubMeth: 癌症相关的甲基化基因数据库

在DNA甲基化与疾病的研究中，最常见的一个问题就是，是否有已经发表的文献表明某个基因在某种疾病中发生了甲基化。回答这样的问题，需要大量的文件检索工作。

​​PubMeth​​ 收集和整理了文献中与癌症相关的甲基化数据，并进行了人工校对和注释，提供了一个高质量的癌症相关的发生了甲基化基因的数据库。

网址如下

​​http://www.pubmeth.org/​​

这个数据库只提供在线检索功能，并不开放下载。在检索时，提供了两种检索方式：

1. 基因
2. 癌症

在​​PubMeth​​数据库中，共收录了292个人类基因的记录。

​​http://pubmeth.biobix.be/temp/static/​​

对于每个基因，有相关的文献和癌症类型信息。以​​CDKN2A​​为例，

不同癌症相关文献数量分布

不同癌症相关文献数量分布和甲基化频率

除了总体分布之外，对于该基因在每种癌症中，还给出了更加具体的信息。比如在肺癌中​​CDKN2A​​基因的甲基化信息

​​http://pubmeth.biobix.be/temp/static/CDKN2A_lung.html​​

以癌症为关键词进行检索，我尝试了几次，可能是网络原因，都没有成功。

利用这个数据库，可以减轻文献检索的工作量，事先对某个基因或者某种疾病的甲基化研究进行一个调研。