MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库

在​​MethHC​​​数据库中，提供了18种癌症相关的DNA甲基化，microRNA表达谱和基因表达谱的数据，这里的数据来源于​​TCGA​​数据库。同时采用线性回归的方法计算甲基化和表达谱数据之间的关联。

整个数据库包含的数据汇总如下：

相比其他的甲基化数据库，​​Meth​​有以下两个特点：

1. 数据来源于TCGA,同时包含了甲基化和基因表达谱以及microRNA表达谱的数据；
2. 将基因划分为8个区域，甲基化位点划分为5个区域,针对单个区域计算甲基化和表达谱数据之间的相关性

基因和甲基化区域的划分方式如下所示：

和其他数据库比较的结果

在​​Browse Top 250​​中，以单个基因为单位，查看该基因在癌症中的甲基化情况和表达量的情况

对于甲基化数据，其表达量采用​​beta​​​值来衡量；对于基因表达谱数据，定量方式为​​RPKM​​​;对于microRNA的表达谱，采用​​RPM​​定量方式；通过泊松相关系数计算甲基化数据和表达谱数据之间的相关性。

以​​SPDYE1​​为例，给出所有基因区域和甲基化区域的结果

对于每个区域，会给出以下三个结果

甲基化数据和表达谱数据表达量的相关性分析

甲基化数据和表达谱数据差异倍数的相关性分析

TCGA数据库中记录的基因的甲基化和RNA_seq 数据详细情况

​​MethHC​​​还提供了基因检索​​Gene Search​​的功能，可以按照两种方式进行筛选

基因列表

KEGG通路

通过​​MethHC​​数据库，我们可以查看基因已有的甲基化和表达谱研究结果，也可以根据癌症类型，查看研究的较多的热点基因。