【宏蛋白质组】搜库工具简介与评估

宏蛋白质组数据分析相对较难，不同于常规蛋白质组分析，因为数据库太大，无法直接进行搜库匹配，需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何，还需要测试。

1.ProteoStorm

发表：​​ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Database Search Framework​​

Github：​​https://github.com/miinslin/ProteoStorm​​​

2. MetaPro-IQ

主要针对肠道样本搜库的分析策略，采用3步迭代法。没有打包成工具。
发表：​​​MetaPro-IQ: a universal metaproteomic approach to studying human and mouse gut microbiota​​​

3.diatools

针对DIA肠道菌群数据。
发表：​​​Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis​​​

Github：​​https://github.com/elolab/diatools​​

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4. Unipept

主要针对下游分析，如物种注释和功能分析。特点，直接从肽段水平去做物种和功能注释。
发表：​​​Unipept 4.0: Functional Analysis of Metaproteome Data​​

​​ 工具：​​https://unipept.ugent.be/​​​

5.MetaProteomeAnalyzer

采用的是两步搜库法。
发表：​​​The MetaProteomeAnalyzer: A Powerful Open-Source Software Suite for Metaproteomics Data Analysis and Interpretation​​​​MPA Portable: A Stand-Alone Software Package for Analyzing Metaproteome Samples on the Go​​

Github：​​https://github.com/compomics/meta-proteome-analyzer​​​

作者：​​Bioinfarmer​​​，转载请注明原文链接：​​javascript:void(0)p/12527980.html​​。若要及时了解动态信息，请关注同名微信公众号：Bioinfarmer。