生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

文章目录

• • 
    
• ​​1. 介绍​​
• ​​2. 安装​​

• • 
    
• ​​2.1 Conda 安装​​
• ​​2.2 传统安装​​
  • 
    

• ​​3. 使用​​

• • 
    
• ​​3.1 下载SRA​​
• ​​3.2 抽取fastq文件​​
  • 
    

1. 介绍

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• Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合
• 一般常用于下载SRA文件，从SRA文件中提取fastq，sam文件，查看SRA文件信息等
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2. 安装

​这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装​

2.1 Conda 安装

​​conda install -y sra-tools​​

这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： ​​Conda 安装使用图文详解​​

2.2 传统安装

​下载​

下载地址1：​​​​https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software​​​​ 下载地址2：​​​​https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads​​​​

在Linux系统（以CentOS为例）下将上述的链接下载到本地

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64.tar.gz

​解压​

gunzip -c sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64.tar.gz | tar xf -

​设置环境变量​

所有的可执行文件均在​​sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin​​目录下

环境变量添加的详细方法：​​Linux 添加环境变量的五种方法​​

• 打开环境变量设置文件

sudo vim /etc/environment

• • 
    
• 添加软件 bin 目录的路径，并用 ​​:​​ 隔开
  
• 执行source命令，使配置立即生效
  
  • 
    

sudo source /etc/enviroment

3. 使用

官方文档：​​https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc​​

3.1 下载SRA

​​https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-Access-SRA-Data​​

​下载单个文件​

​​prefetch SRR390728​​

​下载多个文件​

​​prefetch cart_0.krt​​

3.2 抽取fastq文件

​​fastq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq​​

**注意：**NCBI其实已经更新了一个多线程抽取工具​​fasterq-dump​​，可以在sratools的bin目录里找到，但是文档没有写，没有特殊需求的话，可以考虑直接用新工具替代。

这个​​fasterq-dump​​​与​​fastq-dump​​相比，就像动车碾压绿皮火车，用法如下：

​​fasterq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq​​

详情查看：​​https://www.jianshu.com/p/5c97a34cc1ad​​