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kaggle项目：基于随机森林模型的心脏病人预测分类

最不爱吃鱼 2022-02-07 阅读 79
随机森林分类机器学习

Kaggle案例：基于随机森林的心脏病人预测分类

大家好，我是Peter~

今天给大家分享的一个kaggle案例：基于随机森林模型（RandomForest）的心脏病人预测分类。本文涉及到的知识点主要包含：

  • 数据预处理和类型转化
  • 随机森林模型建立与解释
  • 部分依赖图PDP的绘制和解释
  • AutoML机器学习SHAP库的使用和解释（个人待提升）

导读

原notebook地址：https://www.kaggle.com/tentotheminus9/what-causes-heart-disease-explaining-the-model，感兴趣的可以参考原文学习。

导入库

本案例中涉及到多个不同方向的库：

  • 数据预处理
  • 多种可视化绘图；尤其是shap的可视化，模型可解释性的模块的使用（后面会专门写这个库）
  • 随机森林模型
  • 模型评价等
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns 
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier 
from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier
from sklearn.tree import export_graphviz 
from sklearn.metrics import roc_curve, auc 
from sklearn.metrics import classification_report 
from sklearn.metrics import confusion_matrix 
from sklearn.model_selection import train_test_split 
import eli5 
from eli5.sklearn import PermutationImportance
import shap 
from pdpbox import pdp, info_plots 
np.random.seed(123) 

pd.options.mode.chained_assignment = None

数据探索EDA

1、导入数据

2、缺失值情况

数据比较完美，没有任何缺失值！

字段含义

在这里重点介绍下各个字段的含义。Peter近期导出的数据集中字段和原notebook中的字段名字写法稍有差异，已经为大家做了一一对应的关系，下面是具体的中文含义：

  1. age：年龄

  2. sex 性别 1=male 0=female

  3. cp 胸痛类型；4种取值情况

    • 1：典型心绞痛

    • 2：非典型心绞痛

    • 3：非心绞痛

    • 4：无症状

  4. trestbps 静息血压

  5. chol 血清胆固醇

  6. fbs 空腹血糖 >120mg/dl ：1=true； 0=false

  7. restecg 静息心电图(值0,1,2)

  8. thalach 达到的最大心率

  9. exang 运动诱发的心绞痛(1=yes;0=no)

  10. oldpeak 相对于休息的运动引起的ST值(ST值与心电图上的位置有关)

  11. slope 运动高峰ST段的坡度

    • 1：upsloping向上倾斜
    • 2： flat持平
    • 3：downsloping向下倾斜

  12. ca The number of major vessels(血管) (0-3)

  13. thal A blood disorder called thalassemia ，一种叫做地中海贫血的血液疾病(3 = normal；6 = fixed defect;；7 = reversable defect)

  14. target 生病没有(0=no；1=yes)

原notebook中的英文含义；

下面是Peter整理的对应关系。本文中以当前的版本为标准：

字段转化

转化编码

对部分字段进行一一的转化。以sex字段为例：将数据中的0变成female，1变成male

# 1、sex

df["sex"][df["sex"] == 0] = "female"
df["sex"][df["sex"] == 1] = "male"

字段类型转化

# 指定数据类型
df["sex"] = df["sex"].astype("object")
df["cp"] = df["cp"].astype("object")
df["fbs"] = df["fbs"].astype("object")
df["restecg"] = df["restecg"].astype("object")
df["exang"] = df["exang"].astype("object")
df["slope"] = df["slope"].astype("object")
df["thal"] = df["thal"].astype("object")

生成哑变量

# 生成哑变量
df = pd.get_dummies(df,drop_first=True)
df

随机森林RandomForest

切分数据

# 生成特征变量数据集和因变量数据集
X = df.drop("target",1)
y = df["target"]

# 切分比例为8：2
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X,y,test_size=0.2,random_state=10)

X_train

建模

rf = RandomForestClassifier(max_depth=5)
rf.fit(X_train, y_train)

3个重要属性

随机森林中3个重要的属性：

  • 查看森林中树的状况：estimators_
  • 袋外估计准确率得分：oob_score_，必须是oob_score参数选择True的时候才可用
  • 变量的重要性：feature_importances_

决策树可视化

在这里我们选择的第二棵树的可视化过程：

# 查看第二棵树的状况
estimator = rf.estimators_[1]

# 全部属性
feature_names = [i for i in X_train.columns]
#print(feature_names)

# 指定数据类型
y_train_str = y_train.astype('str')
# 0-no 1-disease
y_train_str[y_train_str == '0'] = 'no disease'
y_train_str[y_train_str == '1'] = 'disease'
# 训练数据的取值
y_train_str = y_train_str.values
y_train_str[:5]

绘图的具体代码为：

# 绘图显示

export_graphviz(
    estimator,   # 传入第二颗树
    out_file='tree.dot',   # 导出文件名
    feature_names = feature_names,  # 属性名
    class_names = y_train_str,  # 最终的分类数据
    rounded = True, 
    proportion = True, 
    label='root',
    precision = 2, 
    filled = True
)

from subprocess import call
call(['dot', '-Tpng', 'tree.dot', '-o', 'tree.png', '-Gdpi=600'])

from IPython.display import Image
Image(filename = 'tree.png')

决策树的可视化过程能够让我们看到具体的分类过程，但是并不能解决哪些特征或者属性比较重要。后面会对部分属性的特征重要性进行探索

模型得分验证

关于混淆矩阵和使用特异性（specificity）以及灵敏度（sensitivity）这两个指标来描述分类器的性能：

# 模型预测
y_predict = rf.predict(X_test)
y_pred_quant = rf.predict_proba(X_test)[:,1]
y_pred_bin = rf.predict(X_test)

# 混淆矩阵
confusion_matrix = confusion_matrix(y_test,y_pred_bin)
confusion_matrix

# 计算sensitivity and specificity 
total=sum(sum(confusion_matrix))
sensitivity = confusion_matrix[0,0]/(confusion_matrix[0,0]+confusion_matrix[1,0])
specificity = confusion_matrix[1,1]/(confusion_matrix[1,1]+confusion_matrix[0,1])

绘制ROC曲线

fpr, tpr, thresholds = roc_curve(y_test, y_pred_quant)

fig, ax = plt.subplots()
ax.plot(fpr, tpr)

ax.plot([0,1],[0,1],
        transform = ax.transAxes,
        ls = "--",
        c = ".3"
       )

plt.xlim([0.0, 1.0])
plt.ylim([0.0, 1.0])

plt.rcParams['font.size'] = 12

# 标题
plt.title('ROC Curve')
# 两个轴的名称
plt.xlabel('False Positive Rate (1 - Specificity)')
plt.ylabel('True Positive Rate (Sensitivity)')
# 网格线
plt.grid(True)

本案例中的ROC曲线值：

auc(fpr, tpr)
# 结果
0.9076923076923078

根据一般ROC曲线的评价标准，案例的表现结果还是不错的：

  • 0.90 - 1.00 = excellent
  • 0.80 - 0.90 = good
  • 0.70 - 0.80 = fair
  • 0.60 - 0.70 = poor
  • 0.50 - 0.60 = fail

补充知识点：分类器的评价指标

考虑一个二分类的情况，类别为1和0，我们将1和0分别作为正类（positive）和负类（negative），根据实际的结果和预测的结果，则最终的结果有4种，表格如下：

常见的评价指标：

1、ACC：classification accuracy，描述分类器的分类准确率

计算公式为：ACC=(TP+TN)/(TP+FP+FN+TN)

2、BER：balanced error rate
计算公式为：BER=1/2*(FPR+FN/(FN+TP))

3、TPR：true positive rate，描述识别出的所有正例占所有正例的比例
计算公式为：TPR=TP/ (TP+ FN)

4、FPR：false positive rate，描述将负例识别为正例的情况占所有负例的比例
计算公式为：FPR= FP / (FP + TN)

5、TNR：true negative rate，描述识别出的负例占所有负例的比例
计算公式为：TNR= TN / (FP + TN)

6、PPV：Positive predictive value
计算公式为：PPV=TP / (TP + FP)

7、NPV：Negative predictive value
计算公式：NPV=TN / (FN + TN)

其中TPR即为敏感度（sensitivity），TNR即为特异度（specificity）。

来自维基百科的经典图形：

可解释性

排列重要性-Permutation Importance

下面的内容是关于机器学习模型的结果可解释性。首先考察的是每个变量对模型的重要性。重点考量的排列重要性Permutation Importance：

部分依赖图（ Partial dependence plots ，PDP）

一维PDP

重点：查看单个特征和目标值的关系

字段ca

base_features = df.columns.values.tolist()
base_features.remove("target")

feat_name = 'ca'  # ca-num_major_vessels 原文
pdp_dist = pdp.pdp_isolate(
    model=rf,  # 模型
    dataset=X_test,  # 测试集
    model_features=base_features,  # 特征变量；除去目标值 
    feature=feat_name  # 指定单个字段
)

pdp.pdp_plot(pdp_dist, feat_name)  # 传入两个参数
plt.show()

通过下面的图形我们观察到：当ca字段增加的时候，患病的几率在下降。ca字段的含义是血管数量（num_major_vessels），也就是说当血管数量增加的时候，患病率随之降低

字段age

feat_name = 'age'

pdp_dist = pdp.pdp_isolate(
    model=rf, 
    dataset=X_test, 
    model_features=base_features, 
    feature=feat_name)

pdp.pdp_plot(pdp_dist, feat_name)
plt.show()

关于年龄字段age，原文的描述：

翻译：这有点奇怪。年龄越大，患心脏病的几率越低？尽管蓝色置信区间表明这可能不是真的（红色基线在蓝色区域内）

字段oldpeak

feat_name = 'oldpeak'

pdp_dist = pdp.pdp_isolate(
    model=rf, 
    dataset=X_test, 
    model_features=base_features, 
    feature=feat_name)

pdp.pdp_plot(pdp_dist, feat_name)
plt.show()

oldpeak字段同样表明：取值越大，患病几率越低。

这个变量称之为“相对休息运动引起的ST压低值”。正常的状态下，该值越高，患病几率越高。但是上面的图像却显示了相反的结果。

2D-PDP图

查看的是 slope_upsloping 、slope_flat和 oldpeak的关系：

inter1  =  pdp.pdp_interact(
    model=rf,  # 模型
    dataset=X_test,  # 特征数据集
    model_features=base_features,  # 特征
    features=['slope_upsloping', 'oldpeak'])

pdp.pdp_interact_plot(
    pdp_interact_out=inter1, 
    feature_names=['slope_upsloping', 'oldpeak'], 
    plot_type='contour')
plt.show()

## ------------

inter1  =  pdp.pdp_interact(
    model=rf, 
    dataset=X_test,
    model_features=base_features, 
    features=['slope_flat', 'oldpeak']
)

pdp.pdp_interact_plot(
    pdp_interact_out=inter1, 
    feature_names=['slope_flat', 'oldpeak'], 
    plot_type='contour')
plt.show()

从两张图形中我们可以观察到：在oldpeak取值较低的时候，患病几率都比较高（黄色），这是一个奇怪的现象。于是作者进行了如下的SHAP可视化探索：针对单个变量进行分析。

SHAP可视化

关于SHAP的介绍可以参考文章：https://zhuanlan.zhihu.com/p/83412330 和 https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/115400327

SHAP是Python开发的一个"模型解释"包，可以解释任何机器学习模型的输出。下面SHAP使用的部分功能：

Explainer

在SHAP中进行模型解释之前需要先创建一个explainer，SHAP支持很多类型的explainer，例如deep, gradient, kernel, linear, tree, sampling)。在这个案例我们以tree为例：

# 传入随机森林模型rf
explainer = shap.TreeExplainer(rf)  
# 在explainer中传入特征值的数据，计算shap值
shap_values = explainer.shap_values(X_test)  
shap_values

image-20220131173928357

Feature Importance

取每个特征SHAP值的绝对值的平均值作为该特征的重要性，得到一个标准的条形图(multi-class则生成堆叠的条形图：

结论：能够直观地观察到ca字段的SHAP值最高

summary_plot

summary plot 为每个样本绘制其每个特征的SHAP值，这可以更好地理解整体模式，并允许发现预测异常值。

  • 每一行代表一个特征，横坐标为SHAP值
  • 一个点代表一个样本，颜色表示特征值的高低(红色高，蓝色低)

个体差异

查看单个病人的不同特征属性对其结果的影响，原文描述为：

def heart_disease_risk_factors(model, patient):

    explainer = shap.TreeExplainer(model)  # 建立explainer
    shap_values = explainer.shap_values(patient)  # 计算shape值
    shap.initjs()
    return shap.force_plot(
      explainer.expected_value[1],
      shap_values[1], 
      patient)

从两个病人的结果中显示：

  • P1：预测准确率高达29%（baseline是57%），更多的因素集中在ca、thal_fixed_defect、oldpeak等蓝色部分。
  • P3：预测准确率高达82%，更多的影响因素在sel_male=0，thalach=143等

通过对比不同的患者，我们是可以观察到不同病人之间的预测率和主要影响因素。

dependence_plot

为了理解单个feature如何影响模型的输出，我们可以将该feature的SHAP值与数据集中所有样本的feature值进行比较：

多样本可视化探索

下面的图形是针对多患者的预测和影响因素的探索。在jupyter notebook的交互式作用下，能够观察不同的特征属性对前50个患者的影响：

shap_values = explainer.shap_values(X_train.iloc[:50])
shap.force_plot(explainer.expected_value[1], 
                shap_values[1], 
                X_test.iloc[:50])

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