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KEGG 下载 Pathway 通路数据


  • 进入KEGG物种列表,网址:​​https://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html​​

KEGG 下载 Pathway 通路数据_大数据


  • 这里以小鼠为例,点击​​Ctrl​​+​​F​​查找物种小鼠的拉丁名​​Mus musculus​

这里也可以用​​mouse​​来搜索,不过可以看到在kegg中含有三种鼠的信息。为了信息准确,最好使用拉丁名作为搜索条件。



KEGG 下载 Pathway 通路数据_生物学_02
点击​​Brite hierarchy​KEGG 下载 Pathway 通路数据_大数据_03
进入​​KEGG Orthology (KO)​KEGG 下载 Pathway 通路数据_下载_04
KEGG Orthology 提供了两种可供下载的格式,比如下载​​htext​​格式

如果提示连接不到网络,可以多次点击,国外网的原因。。。



KEGG 下载 Pathway 通路数据_生物信息_05
​htext​​格式如下
KEGG 下载 Pathway 通路数据_kegg_06
下载​​json​​格式
KEGG 下载 Pathway 通路数据_kegg_07
​json​​格式如下,这种格式更适合提取数据
KEGG 下载 Pathway 通路数据_生物信息_08


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