上回提到TCGA的一个下载数据库UCSC Ｘena数据库：
分享一个TCGA数据库_李京弦的博客-CSDN博客
今天分享一个TCGA分析的数据库——GEPIA，网址是：GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis)
下面我们以一个基因——AURKA为例子，看看这个数据库如何使用。
1. 先看看这个基因的表达谱
选择感兴趣的癌症：
这里我们选择所有癌症：
GEPIA可以TCGA数据库自己的肿瘤组织和正常组织进行比较，也可以匹配GTEX数据库进行比较，关于GTEX的介绍和下载，下次再说。点击plot，来看看结果：
可以看到，AURKA这个基因在多种癌症中是高表达的，高表达且有意义的癌症，会标为红色，低表达的标位绿色。如果研究泛癌的话，这张图就可以放文章里面。
下面再看单个癌症中AURKA的表达：
选择BLCA膀胱癌看看：
左下角可以设置阈值，即logFC和P值，这里选择logFC是1，即如果肿瘤组和正常组中，AURKA的表达变化数超过两倍，就有意义。当然这个条件也可以放宽，比如设置logFC为0.5.
可以看到，AURKA在膀胱癌中是高表达的。
下面看一下AURKA表达和肿瘤分期的情况：
点击Stage plot：
结果没有意义，说明AURKA表达与膀胱癌进展无关。
当然，这只是数据库的结果，如果有自己的数据支持，或者别的数据支持，非要研究这个基因也未尝不可。
下面是多个基因的表达进行比较：
不过这个图不是这么好看。
