0
点赞
收藏
分享

微信扫一扫

TCGA肿瘤数据分析专题

欢迎关注”生信修炼手册”!


癌症作为人类健康的头号杀手,其研究的意义不言而喻。目前世界范围内已经有大量的肿瘤相关数据,鉴于公共数据库的数据挖掘成为一种趋势。


GEO是一个国际化的开源项目,允许研究者提交自己的数据到该数据库,在世界范围内公开共享自己的数据;TCGA是一个大型癌症研究项目,通过收集整理癌症相关的各种组学数据,提供了一个大型的,免费的癌症研究参考数据库。


目前基于公共数据库进行数据挖掘的文献越来越多,本文整理了TCGA, GEO等公共数据库的相关资料。


首先是GEO数据库


  • ​​GEO数据库架构介绍​​
  • ​​GEO数据库中platform信息详解​​
  • ​​GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析​​


接下来是TCGA


  • ​​TCGA数据库简介​​
  • ​​使用GDC在线查看TCGA数据​​
  • ​​使用gdc-client批量下载TCGA数据​​
  • ​​一文搞懂TCGA中的分析结果如何来​​
  • ​​通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据​​
  • ​​使用GDC API查看和下载TCGA的数据​​
  • ​​使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息​​
  • ​​使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据​​
  • ​​使用TCGAbiolinks进行生存分析​​
  • ​​使用TCGAbiolinks分析TCGA中的表达谱数据​​
  • ​​使用TCGAbiolinks进行甲基化和转录组数据的联合分析​​
  • ​​UCSC  Xena:癌症基因组学数据分析平台​​
  • ​​TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库​​
  • ​​SurvNet:基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法​​
  • ​​TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心​​
  • ​​TCGA Copy Number Portal:肿瘤拷贝数变异数据中心​​
  • ​​Broad GDAC:TCGA数据分析中心​​
  • ​​使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据​​


TCGA中存储的是各种肿瘤的多组学数据和样本临床信息,除了多组学的联合分析和深入挖掘外,还可以结合样本临床信息进行生存分析


  • ​​生存分析详细解读​​
  • ​​用R语言进行KM生存分析​​
  • ​​使用OncoLnc进行TCGA生存分析​​
  • ​​用R语言进行Cox回归生存分析​​
  • ​​使用kmplot在线进行生存分析​​​


除了TCGA外,肿瘤相关的数据库还有很多


  • ​​ICGC:国际肿瘤基因组协会简介​​
  • ​​CCLE:肿瘤细胞系百科全书​​
  • ​​GEPIA:TCGA和GTEx表达谱数据分析平台​​
  • ​​HPA:人类蛋白图谱数据库​​
  • ​​DisGeNet:疾病相关的基因与突变位点数据库​​
  • ​​Disease Ontology:人类疾病分类数据库​​
  • ​​Oncomine:肿瘤芯片数据库​​
  • ​​ONGene:基于文献检索的肿瘤基因数据库​​
  • ​​oncomirdb:肿瘤相关的miRNA数据库​​
  • ​​TSGene:肿瘤抑癌基因数据库​​
  • ​​NCG:肿瘤驱动基因数据库​​
  • ​​mutagene:肿瘤突变频谱数据库​​


对于肿瘤组织中浸润的免疫细胞进行研究,也是一个热点


  • ​​Cancer-Immunity Cycle:肿瘤免疫循环简介​​
  • ​​TMB:肿瘤突变负荷简介​​
  • ​​肿瘤微环境:Tumor microenvironment (TME)简介​​
  • ​​肿瘤浸润免疫细胞量化分析简介​​
  • ​​使用EPIC预测肿瘤微环境中免疫细胞构成​​
  • ​​TIMER:肿瘤浸润免疫细胞分析的综合网站​​
  • ​​quanTIseq:肿瘤浸润免疫细胞定量分析​​


以TCGA为代表的肿瘤数据挖掘涉及了各种公共数据库的交叉使用,多组学的联合分析,需要扎实的理论基础和较强的生信分析能力。本公众号对外提供多种组学的数据分析服务,有需求的小伙伴欢迎后台私信,期待与大家的合作。


·end·

TCGA肿瘤数据分析专题_数据

举报

相关推荐

0 条评论