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circRNA，即环状RNA, 是一类由反向剪切形成的共价闭合的环状RNA分子，在生物体内大量表达，具有高度的特异性，保守性和稳定性。
circRNA的主要功能是作为结合miRNA,从而发挥其调控作用。在早期研究中，将环状RNA归为非编码RNA的一种，然而近几年随着环状RNA中IRSE元件的发现，也识别到了很多具有编码能力的环状RNA。本文整理了环状RNA数据分析相关的资料。
数据库中已有的环状RNA
- circRNA:环状RNA简介
- circBase:环状RNA数据库
- circRNADb:综合性的人类环状RNA数据库
- circBank:人类环状RNA数据库
- circNet:人类环状RNA数据库
- plantcircbase:植物环状RNA数据库
- LeafcircBase:植物环状RNA数据库
- CIRCpedia:环状RNA数据库
利用NGS数据预测环状RNA的方法
- 使用find_circ识别环状RNA
- 使用CIRI识别环状RNA
- 使用circRNA_finder识别环状RNA
- 使用CIRCexplorer2识别环状RNA
环状RNA相关的注释，蛋白编码潜能的预测工具
- circAnno:环状RNA注释工具
- circPrimer:环状RNA注释和引物设计工具
- 使用IRESfinder分析环状RNA的蛋白编码潜能
环状RNA与很多疾病密切相关
- circRNADisease:疾病相关的环状RNA数据库
- circR2Disease:疾病相关的环状RNA数据库
- CSCD:肿瘤特异性的环状RNA数据库
- TSCD:人和小鼠组织特异性环状RNA数据库
- circad:环状RNA疾病相关数据库
- circ2Traits:环状RNA相关疾病数据库
环状RNA与miRNA的结合
- ceRNA调控机制简介
- starBase:ceRNA数据库简介
- circinteractome:环状RNA与RBP以及miRNA结合的数据库
- PlantCircNet:植物ceRNA调控网络数据库
- SomamiR:肿瘤体细胞突变影响miRNA结合的突变位点数据库
最后是环状RNA相关的文献解读
- 文献解读|环状RNA预测软件评估
- 文献解读|环状RNA的性质和功能
- 文献解读|circAGFG1通过miR-195-5p调控CCNE1的表达促进三阴性乳腺癌的发展
- 文献解读|环状RNA调控父本基因的表达
通过高通量测序，预测和识别circRNA是开展环状RNA研究的前提，环状RNA的参与的ceRNA调控机制，与疾病的相关性等是研究的热点内容。
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